En mars 1993, le gouvernement d’Édouard Balladur regroupe dans un même portefeuille autonome les Entreprises, le Développement économique, les Petites et Moyennes Entreprises, le Commerce et l’Artisanat. En fait, la structure de base du ministère ne change pas avec les deux grandes directions : commerce intérieur et artisanat, mais les attributions du ministère sont élargies en ce sens qu’il dispose de nombreuses directions en délégation et de nombreux services (comme l’inspection générale de l’Industrie et du Commerce, la délégation interministérielle aux professions libérales ou encore les délégations régionales au Commerce et à l’Artisanat);

En mai 1995, le gouvernent d’Alain Juppé ne modifie que l’appellation du ministère qui devient le ministère des PME, du Commerce et de l'Artisanat.

En juin 1997, dans le gouvernement de Lionel Jospin, les Petites et Moyennes Entreprises, le Commerce et l'Artisanat retrouvent une situation identique à celles des gouvernements Chirac, Cresson et Bérégovoy, redevenant un secrétaire d’État rattaché à l’Économie et aux Finances, après avoir été un ministère à part entière.

La grande mission de ces deux ministères successifs est de préparer et de mettre en œuvre, en liaison avec les ministres intéressés, la politique du Gouvernement concernant ces domaines ; il est associé à la définition et à la mise en œuvre des mesures de simplification des formalités incombant aux entreprises.