La direction générale des Eaux et forêts est réorganisée en juillet 1965, après la création de l’Office national des forêts par la loi du 23 décembre 1964. Cet établissement public à caractère industriel et commercial est chargé d’une partie des prérogatives de l’administration centrale concernant la gestion des forêts. La direction des forêts nouvellement créée fait partie de la direction générale de l'Espace rural. Elle exerce la tutelle de l’ONF, et, concernant les forêts, est chargée de la définition et de l’application de la politique forestière, de l’inventaire forestier national, de la protection de la forêt, de la restauration des terrains en montagne et de la fixation des dunes, du reboisement et de l’équipement de la forêt, du fonds forestier national, de la forêt privée. Elle est aussi chargée de la protection et de l’aménagement des ressources naturelles, des parcs nationaux ou régionaux, et des réserves naturelles, de l’équipement touristique de l’espace rural et des espaces verts, de la chasse et la pêche. Ces missions ainsi que la création de l’ONF orientent de plus en plus le ministère de l’Agriculture vers un ministère chargé des ressources naturelles, une étape qui sera franchie en 1970 avec la création de la direction générale de la protection de la nature, afin, comme l’affirme son décret de création, de coordonner au sein du ministère de l’Agriculture l’ensemble des actions tendant à la défense de la nature et à la préservation des équilibres biologiques, à l’aménagement du milieu naturel en vue d’en développer et exploiter toutes les ressources ainsi que toutes les possibilités d’accueil pour l’homme et ses activités de loisirs, notamment les activités de pêche et de chasse. La gestion des haras lui incombe à partir de cette date. C’est ainsi cette direction qui prépare la loi forestière du 12 juillet 1966 pour la protection et la reconstitution des forêts méditerranéennes. Dégagée des missions de terrains orientées vers la production et la gestion forestière, la direction chargée des forêts est concentrée autour des missions d’équipement et d’aménagement, de la chasse, de la promotion de l’espace naturel, des haras, des affaires financières et générales. En 1987, la direction des forêts, qui avait été rétrogradée en service des forêts de 1972 à 1981, disparaît. L'élaboration et l'animation de la politique de la forêt et du bois sont désormais du ressort de la direction de l'espace rural et de la forêt.