Après avoir été rattachée à différents ministères depuis sa création en 1800, la direction des Beaux-Arts se stabilise en intégrant le ministère de l’Instruction publique le 5 septembre 1870.

Toutefois, les Beaux-Arts seront transférés de façon temporaire au ministère des Arts créé le 14 novembre 1881 par Léon Gambetta et confié à Antonin Proust. Pour la première fois sont réunis : les bâtiments civils, les édifices diocésains, l'enseignement technique des arts et métiers et l'enseignement du dessin. Le ministère des Arts est supprimé le 26 janvier 1882 et à partir du 30 janvier les compétences Beaux-Arts retournent au ministère de l’Instruction publique, à l'exception des bâtiments civils et palais nationaux qui, en 1870-1881 et 1890-1895, sont à nouveau rattachés au ministère des Travaux publics.

Après 1895, l’administration des Beaux-Arts – tantôt direction, tantôt sous-secrétariat – se stabilise avec l’ensemble de ses secteurs d’intervention (beaux-arts, théâtre et musique) au sein du ministère de l’Instruction publique.

Les lois réformant la direction des Beaux-Arts se succèdent dans les années 1905-1907 :

- le 25 janvier 1905 est créé le sous-secrétariat d'État aux beaux-arts dirigé par Étienne Dujardin-Beaumetz ;

- la loi du 9 décembre 1905 relative à la séparation des Églises et de l’État a pour conséquence la fusion du service des Monuments historiques avec le service des édifices cultuels. En effet, la loi de finances du 17 avril 1906 transfère aux beaux-arts le service des édifices diocésains avec ses crédits et son personnel administratif et technique : la liquidation des cultes, les édifices paroissiaux et diocésains sont réunis et transférés à l'administration des beaux-arts sous la dénomination provisoire de bureau des édifices cultuels.

- en juillet 1907, les deux services fusionnés (monuments historiques et édifices cultuels) rejoignent la nouvelle division des services d’architecture créée au sein des Beaux-Arts et dirigée par Paul Léon.

- le décret du 26 avril 1907 porte sur l’organisation d'un service des antiquités et objets d'art.

Deux réformes viennent encore modifier l'organisation des Beaux-Arts qui subsiste jusqu'à la Seconde guerre mondiale :

- l'article 95 de la loi de finances du 27 décembre 1927 transforme la direction des Beaux-Arts en direction générale. Le directeur général, nommé par décret du président de la République, est à la tête de six services.

- le décret du 23 janvier 1934 réorganisant le fonctionnement de la direction générale des beaux-arts : le bureau de la liquidation des dépenses et du contentieux est notamment supprimé.