Née le 3 janvier 1777 à Ajaccio, Maria-Anna Bonaparte est le quatrième enfant et première fille vivante de Charles Bonaparte et de Maria Letizia Ramolino. Elle choisit de porter le prénom Élisa.

Grâce à une bourse, elle fait son éducation à la maison royale de Saint-Cyr, de 1784 à 1792. En 1797, elle épouse un capitaine corse, Félix Bacciochi. À Paris, sous le Consulat, Élisa fait de son salon le rendez-vous des beaux esprits de toute tendance (Chateaubriand, le chevalier de Boufflers, La Harpe...) ; Fontanes est alors un de ses amants et elle encourage la restauration du catholicisme, mais elle se garde de rompre avec les libéraux et les idéologues.

Élisa est successivement princesse de Piombino et de Lucques (1805-1808), puis grande-duchesse de Toscane (1809-1814). Elle est la seule sœur de Napoléon à avoir possédé de réels pouvoirs politiques. Elle s'entoure de personnes compétentes pour développer son duché : encouragement des manufactures, mise en valeur des mines, forêts et salines. Très intéressée par les arts, notamment le théâtre, elle les encourage dans les territoires sur lesquels elle règne. Mais ses actions servent toujours les plans de Napoléon.

En 1813, elle commence à craindre pour son trône en raison des défaites de Napoléon et de ses propres troupes face aux Anglais. L'appel à l'aide à Joachim Murat n'aboutit pas à cause de la trahison de ce dernier vis-à-vis de l'Empereur. L'entrée des napolitains dans Florence la pousse à se retirer à Lucques, mais peu de temps après elle quitte cette ville pour le sud de la France. Elle s'installe finalement à Bologne. Exilée à Brünn pendant les Cent-Jours, elle se retire à Trieste après la capitulation de l'Empereur. Elle meurt dans sa maison de campagne de Villa Vicentina le 7 août 1820.

De son mariage avec Félix Bacciochi, elle a cinq enfants, dont deux seulement atteignent l'âge adulte : Napoléone (1806-1819), future comtesse Camerata, et Frédéric-Charles (1814-1833).