Né le 3 janvier 1763 à Ajaccio, Joseph Fesch est le fils de François Fesch, capitaine de marine. Demi-frère de Laetitia Ramolino, il est l'oncle de Napoléon Ier.

Élevé au séminaire d'Aix-en-Provence, ordonné prêtre en 1785, il revient à la vie civile sous la Terreur et fait les campagne d'Italie en tant que garde-magasin à l'armée des Alpes. Il rentre à nouveau dans les ordres après le Concordat et devient, grâce à son neveu, archevêque de Lyon en 1802 et cardinal en 1803.

Grand aumônier de l'Empereur en 1805, sénateur, il paraît comblé et fidèle à l'Empereur. Il prend cependant ses distances avec lui durant le conflit qui l'oppose au pape Pie VII. Il se réfugie à Rome en 1814 puis après Waterloo. Il y termine ses jours, au milieu de la fabuleuse collection d'art qu'il s'est constitué.