Dans l'état actuel de son traitement, le fonds est composé de trois parties, correspondant aux différentes étapes de classement de la sous-série 31 H. Les deux premières parties (cotes 31 H 9 à 262, et 31 H 263 à 432) sont issues de deux phases successives d'inventaire. Elles sont complétées par une troisième partie constituée de la plus grande partie des registres contenus dans le fonds, qui n'ont été cotés à part que pour des raisons strictement matérielles. Les différentes sections de cet instrument recherche composite ont vocation à être fusionnées pour former un inventaire unique et cohérent. En attendant, le chercheur aura donc intérêt à se reporter successivement aux deux parties des liasses, puis aux registres.1ère partie (31 H 9-262). Généralités concernant l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem (1183-1782); généralités et gestion du temporel des commanderies d'Avalleur (1406-1750), de Troyes (1254-1790) et de Thor (1292-1703), de Trans et d'Epailly (1260-1563).