Le bailliage d'Auxerre a été créé par démembrement de celui de Sens en 1371, ses limites correspondant au comté d'Auxerre et aux territoires compris entre la Loire, la Cure et l'Yonne. Avant son érection les territoires de son ressort relevaient de la juridiction du bailli de Sens, nommé bailli de Sens et d'Auxerre. Devenu siège présidial en 1552, il a été supprimé en 1771 puis rétabli en 1776. Il est l'un des trois bailliages principaux du gouvernement général de Bourgogne qui sont du ressort du parlement de Paris et non de celui de Dijon. À ce bailliage ressortissaient les prévôtés royales d'Auxerre, de Coulanges-sur-Yonne, de Mailly, de Montigny-le-Roi, de Saint-Georges et de Vermenton, le marquisat de Saint-Bris, le comté de Courson, les seigneuries de l'Évêché, du Chapitre de Saint-Étienne, des abbayes de Saint-Germain et Saint-Julien d'Auxerre, de la Commanderie d'Auxerre, et de l'abbaye de Reigny, ainsi que les autre justices seigneuriales laïques et ecclésiastiques. En 1638, la création du présidial de Montargis modifia sa circonscription : les justices de Moutiers, Lavau, Bléneau et Villeneuve-les-Genêts en furent distraites. En 1789, lors de la convocation des États-généraux, les paroisses suivantes dépendaient du bailliage d'Auxerre : Accolay, Andryes, Annay, Appoigny, Arcy-sur-Cure, Argenou, Arquian, Asnières-sous-Bois, Asquins, Augy, Auxerre, Bailly, Bassou, Bazarnes, Beaumont, Beauvoir, Bessy-sur-Cure, Billy, Bitry, Blannay, Bleigny-le-Carreau, Bois-d'Arcy, Branches, Breugnon, Brosses, Chamoux, Champlemy, Champs-sur-Yonne, Charbuy, Charentenay, Charmoy, Chassy, Chastenay, Chastenay-le-Bas, Châtel-Censoir, Chemilly-sur-Yonne, Chevannes, Chichery, Chitry, Coulangeron, Coulanges-la-Vineuse, Coulanges-sur-Yonne, Courson-les-Carrières, Crain, Cravant, Cuissy-lès-Ouanne, Dampierre-sous-Bouhy, Diges, Dracy, Druyes-les-Belles-Fontaines, Égleny, Épineau-les-Voves, Escamps, Escolives-Sainte-Camille, Étais-la-Sauvin, Festigny, Fleury-la-Vallée, Fontaines, Fontenailles, Fontenay-sous-Fouronnes, Fontenoy, Fouronnes, Givry, Gurgy, Goix, Gy-l'Évêque, Héry, Irancy, Jussy, La Chapelle-Saint-André, La Villotte, Lain, Lainsecq, Lalande, Leugny, Levis, Lindry, Lucy-sur-Cure, Lucy-sur-Yonne, Mailly-la-Ville, Mailly-le-Château, Merry-la-Vallée, Menestreau, Menou, Merry-Sec, Merry-sur-Yonne, Migé, Molesme, Monéteau, Montigny-la-Resle, Montillot, Mouffy, Moulins-sur-Ouanne, Oisy, Ouanne, Oudan, Parigny-la-Rose, Parly, Perreuse, Perrigny, Poilly-sur-Tholon, Pourrain, Précy-sur-Vrin, Prégilbert, Quenne, Rouvray, Sacy, Sainpuits, Saint-Andelain, Saint-Bris-le-Vineux, Saint-Cyr-les-Entrains, Saint-Cyr-les-Colons, Sainte-Colombe-sur-Loing, Sainte-Pallaye, Saint-Georges-sur-Baulche, Saint-Martin-du-Pré, Saint-Martin-sur-Ocre, Saint-Maurice, Saint-Maurice-le-Vieil, Saint-Maurice-Thizouaille, Saint-Moré, Saint-Père, Saints, Saint-Sauveur-en-Puisaye, Sementron, Sery, Sougères-en-Puisaye, Sougères-sur-Sinotte, Taingy, Thury, Toucy, Treigny, Trucy-sur-Yonne, Val-de-Mercy, Vallan, Vaux, Venoy, Vermenton, Vézelay, Villefargeau, Villemer, Villeneuve-Saint-Salve, Vincelles, Vincelottes, Voutenay-sur-Cure.