La direction de la modernisation et de l'action territoriale (DMAT) est créée par le décret n° 2004-81 du 26 janvier 2004 modifiant le décret n° 85-1057 du 2 octobre 1985 relatif à l'organisation de l'administration centrale du ministère de l'Intérieur. Ce même décret signe la création du secrétariat général, héritier de la direction générale de l'administration (DGA), et qui regroupe la DMAT, la direction des ressources humaines (DRH), la direction de l'évaluation de la performance, et des affaires financières et immobilières (DEPAFI), la direction des systèmes d'information et de communication (DSIC), le centre d'études et de prospective, le service de la communication.

La DMAT pilote le réseau des préfectures et adapte les structures territoriales de l'Etat. Elle a également pour mission l'organisation des élections politiques ainsi que la préparation et la mise en œuvre de la législation électorale relative au financement de la vie politique. De plus, elle gère les hauts fonctionnaires. Enfin, par le décret n° 2008-1241 du 28 novembre 2008, la DMAT s'est vue confier des missions auparavant du ressort de la direction des libertés publiques et des affaires juridiques (DLPAJ) dans les domaines de la réglementation de la circulation et de la sécurité routières ainsi que dans celui de la police administrative. La compétence en matière de police a été de nouveau attribuée à la DLPAJ en 2010. Par ailleurs, le directeur de la modernisation et de l'action territoriale occupe également les fonctions de secrétaire général adjoint.

La DMAT est constituée de trois grandes sous-directions :

- la sous-direction de l'administration territoriale (SDAT),

- la sous-direction du corps préfectoral et des administrateurs civils (SDCPAC),

- la sous-direction de la circulation et de la sécurité routières (SDCSR).

La sous-direction de l'administration territoriale (SDAT) apparaît dans l'organigramme du ministère de l'Intérieur en 1979, au sein de la direction des affaires politiques et de l'administration du territoire (DAPAT) de la direction générale de l'administration (DGA) créée en 1974. La SDAT était alors composée de trois bureaux : le bureau des préfets, le bureau des sous-préfets et le bureau de l'organisation territoriale (ce dernier est de création plus ancienne). Ses attributions étaient auparavant exercées par deux sous-directions de la DAPAT : la sous-direction des affaires politiques et la sous-direction du corps préfectoral.

Un arrêté du 3 octobre 1985 réorganise la sous-direction en trois bureaux : le bureau de l'organisation territoriale de l'Etat, le bureau du développement des attributions déconcentrées d'Etat et le bureau des études de l'administration territoriale.

Ces derniers changent plusieurs fois d'attributions et de dénomination. Un arrêté du 16 juillet 1987 crée le bureau de l'organisation et du fonctionnement des préfectures, le bureau de la déconcentration et le bureau de l'organisation territoriale de l'Etat. Ces bureaux deviennent par arrêté du 29 janvier 1999, le bureau de l'organisation et du fonctionnement des préfectures (BOFP), le bureau de l'organisation et des politiques territoriales de l'Etat (BOPTE), le bureau des affaires régionales et de l'aménagement du territoire (BARAT).

L'arrêté du 24 mars 2003 modifie légèrement l'organisation de ces 3 bureaux et en crée un quatrième : le bureau de la modernisation et de la réforme de l'Etat (BMRE) s'ajoute ainsi au bureau du fonctionnement des préfectures (BFP), au bureau de la déconcentration et des politiques territoriales de l'Etat (BDPTE) et au bureau de l'action régionale et de l'aménagement du territoire (BARAT).

Enfin, l'arrêté du 11 septembre 2007 réorganise la sous-direction en trois bureaux : le bureau de l'organisation et des missions de l'administration territoriale (BOMAT), le bureau de la performance et des moyens de l'administration territoriale (BPMAT), le bureau des instruments de pilotage de l'action territoriale (BIPAT).

Le 28 novembre 2008 est créé un 4ème bureau : le bureau des polices administratives (BPA), que la DMAT perd au profit de la DLPAJ par arrêté du 27 août 2010.

La SDAT est chargée des questions relatives à l'organisation territoriale de l'Etat, notamment en ce qui concerne les moyens de fonctionnement des préfectures et sous-préfectures, et des questions relatives à l'exercice des attributions des préfets. Elle participe à l'élaboration législative et réglementaire devant permettre d'adapter les structures territoriales de l'Etat et d'organiser l'évolution des missions des préfectures. Cela consiste d'abord à proposer, mettre en œuvre et évaluer les modifications de l'organisation territoriale de l'Etat, à veiller ensuite au respect et au développement des compétences déconcentrées des préfets et enfin donner aux préfectures les moyens financiers nécessaires à leur gestion et à leur modernisation.

Le bureau de modernisation et de la réforme de l'Etat (BMRE) est chargé de l'ensemble des travaux de prospective relatifs aux préfectures. En liaison avec les instances interministérielles chargées de la réforme de l'Etat, il suit les dossiers portant sur cette question. Il traite ainsi des problèmes de l'accueil, de l'administration électronique, de la qualité et il est associé aux réflexions prospectives en matière immobilière. Il participe également aux travaux relatifs à la mise en œuvre de la loi organique relative aux lois de finances (LOLF).

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