L'enregistrement est réorganisé en régie (décret des 9-15 mai 1791, décret des 18-27 mai 1791), puis érigé en direction générale de l'enregistrement, des domaines et du timbre (arrêté du 20 septembre 1801). De 1817 à 1878, cette direction reçoit les attributions de l'administration des forêts. En 1848, elle est remplacée par une simple direction, puis rétablie comme direction générale en 1851. Elle est constituée d'une direction générale au niveau de l'administration du ministère des finances, et de services extérieurs à l'échelon départemental.

L'introduction de l'impôt sur le revenu et le passage progressif à un système d'impôts synthétiques et personnalisés imposent une réorganisation des trois régies (les Contributions directes et le cadastre, les Contributions indirectes, l'Enregistrement, les domaines et le timbre). Une première tentative de réunion des Contributions directes et de l'Enregistrement (décret du 17 septembre 1926) échoue. Après guerre, les trois directions générales sont supprimées et fusionnées dans la direction générale des impôts (DGI) (décret du 16 avril 1948), à laquelle est rattaché le service des domaines au 31 décembre 1952. En fait, pendant plusieurs années, la DGI n'est que la superposition des trois administrations anciennes, la législation fiscale étant réservée à un service de coordination. La fusion des directions centrales est progressive jusqu'en 1960 avec la mise en place d'une organisation fonctionnelle comprenant huit services. Leur nombre est réduit à cinq entre 1960 et 1969, puis à quatre en 1996 (Personnel et Budget, Organisation et informatique, Opérations fiscales et foncières, Contentieux), enfin à trois en 1998 (Ressources, Application, Juridique). De 1977 à 1998, le service de la législation fiscale (SLF), rattaché directement au ministre du budget, recouvre son autonomie (décret du 28 juin 1977). Intégré à la DGI (décret du 2 novembre 1998), il en devient une direction (arrêté du 2 novembre 1998) pour laquelle est créé un poste de directeur général adjoint (décret du 15 juin 2000). Le décret n° 2007-1003 du 31 mai 2007 place la DGI sous l'autorité du ministre du budget, des comptes publics et de la fonction publique ; le décret n° 2007-996 du 31 mai 2007 place la DLF est placée sous celle du ministre de l'économie, des finances et de l'emploi et la met disposition du ministre du budget pour la préparation des lois de finances. Quant aux services déconcentrés, ils fusionnent de 1967 à 1970 dans une structure commune, le centre des impôts (décret du 30 décembre 1968). La réforme aboutit également à la mise en place de directions départementales des services fiscaux, ainsi qu'à la fusion des services comptables des contributions indirectes et de l'enregistrement. Les directions à compétence régionale, mises en place à partir de 1960, concourent à une mission générale d'harmonisation et de coordination, avec les directions spécialisées, notamment en matière de contrôle fiscal (décret du 1er août 2000). Les directions des services fiscaux forment une autre catégorie de services déconcentrés de la DGI : elles se composent des centres des recettes des impôts (assiette et contrôle de tous les impôts), des brigades de contrôle et de recherche (depuis 1972), des centres des impôts fonciers (depuis 1977), des conservations des hypothèques. Les objectifs des directeurs des services fiscaux sont déclinés localement et contractualisés avec le directeur général dans le cadre d'un contrat de performance. Enfin, la DGI adopte le statut juridique des services à compétence nationale défini par un décret du 9 mai 1997 pour un grand nombre de ses services territoriaux (arrêtés du 24 juillet 2000) qui s'occupent de la formation des agents (Ecole nationale des impôts, Ecole nationale du cadastre), d'activités à caractère économique (direction nationale d'interventions domaniales - DNID) ou de contrôle fiscal dans des secteurs spécifiques (direction des vérifications nationales et internationales, direction nationale des vérifications de situations fiscales, direction nationale d'enquêtes fiscales). Un arrêté du 13 décembre 2000 crée à compter du 1er janvier 2002 la direction des grandes entreprises, service à compétence nationale, qui est l'interlocuteur fiscal unique des grands groupes (plus de 35 000 entreprises) pour l'assiette et le recouvrement des impôts, les dossiers étant traités par télé-procédures. En 2004, le réseau DGI récupère le recouvrement de l'impôt sur les sociétés et de la taxe sur les salaires, qui dépendait de la direction générale de la comptabilité, et rapproche les recettes (réseau DGCP) et les centres des impôts (réseau DGI). Parallèlement, le programme COPERNIC (arrêté du 12 novembre 2001), piloté conjointement avec la DGCP, est créé pour mettre en place le compte fiscal simplifié et plus largement l'administration fiscale électronique. En 2008, la DGI et la DGCP fusionnent en une direction générale des finances publiques (décret n° 2008-310 du 3 avril 2008).

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