Le fonds s'ouvre par des éléments concernant la genèse, le fonctionnement et le personnel de la Commission internationale des Pyrénées (art. 1-5). Suivent des volumes et des liasses de correspondance des présidents et des membres de la Commission (art. 7-20) ainsi que les procès-verbaux des séances de la Commission entre 1876 et 1928 (art. 21-23).

Ces sessions sont particulièrement rapprochées lors des premières années d'existence de la Commission afin de régler les affaires qui en étaient à l'origine. Les neuf sessions des années 1876-1877 (art. 21) portent ainsi sur deux affaires. La première est la prise en chasse en 1872 du navire Saint-Pierre par les douanes de Fontarabie qui s'était soldée par la mise à l'eau de son capitaine et à la saisie de la cargaison d'alcool qu'il transportait. La seconde est la saisie en 1874 par les autorités espagnoles du bateau La Gracieuse et la traduction de son capitaine devant le tribunal de Saint-Sébastien. Ces deux affaires posaient la question de la démarcation des eaux dans la baie du Figuier, traitée lors des sessions de 1878-1880. Les sessions suivantes (art. 21-23) abordent des problèmes aussi divers que la création d'un parc à huitres sur la rive espagnole, la définition d'un projet de règlement de la pêche côtière sur les côtes océaniques, la prohibition de certains types de filets de pêche, l'entretien de l'île des Faisans, les contrats de pâturage ou encore la santé du bétail. Le fonds se termine par un certain nombre de dossiers thématiques relatifs à ces affaires traitées par la Commission. Ceux-ci s'organisent en deux grands ensembles : la Bidassoa (art. 24-34) et la frontière terrestre (art. 35-50).