La série J a été créée par la circulaire du 15 avril 1944. Le cadre de classement et la cotation en ont été fixés par la circulaire du 16 décembre 1965, et confirmés par celle du 18 décembre 1998.

De 1964 à 1986, les pièces isolées qui auraient dû former la sous-série 1 J ont été cotées selon un système simple mais condamné à disparaître dès sa création : le numéro de la sous-série correspondait au millésime de la date d'enregistrement. C'est ainsi que l'on commence le registre de l'année 1964 en inscrivant 64 J 1.

En 2005, Nathalie Favre-Bonvin établit une cotation conforme à la réglementation. Les articles sont ordonnés à partir de 1 J 1. Un premier inventaire propose en salle de lecture la consultation des articles 1 J 38 à 1 J 416.

Depuis, chaque document nouvellement entré aux Archives du département du Rhône et de la métropole de Lyon est coté par ordre d'arrivée.