Le plan de classement reflète les fonctions d'un établissement d'enseignement en général, les trois premières parties concernent l'administration de l'université, les suivantes s'attachent à développer tous les domaines inhérents à la vie universitaire. Le fonds d'un établissement d'enseignement supérieur comprend forcément de nombreux documents sur son administration d'une part et sur la scolarité des étudiants d'autre part. La logique de la scolarité réelle d'un étudiant a été suivie, de son inscription à la faculté jusqu'à sa thèse. Ont également été distingués les documents qui concernent uniquement une catégorie d'étudiants comme les sages-femmes ou les chirurgiens-dentistes. Les registres d'inscriptions trimestrielles sont spécifiques à la médecine, à la pharmacie et aux élèves civils ou militaires. Par contre, les registres d'inscription aux examens sont communs à tous les étudiants de la faculté. Pour les élèves chirurgiens-dentistes et sages-femmes, il existe des dossiers indépendants concernant notamment l'organisation et les résultats des examens. Il est à noter la faiblesse des dossiers concernant le personnel enseignant, dont plusieurs registres sont actuellement conservés au musée de l'histoire de la médecine de la faculté Claude Bernard. Enfin, une partie propre aux deux conflits mondiaux a été créée, afin de rassembler les dossiers spécifiques aux mesures prises au cours de ces évènements. En revanche, les documents liés à la gestion courante de la faculté durant ces deux périodes, tels que les inscriptions et examens, ont bien été laissés dans les sous-séries organiques correspondantes.