Le château de Bersaillin est resté entre les mains de la famille de Froissard, et de ses descendants, depuis le XVIe siècle jusqu'en 1981.Le chartrier a été déposé en 1987 aux Archives départementales du Jura par la Fondation La Navarre, qui était légataire du château (contrat du 18 avril 1987).

Le propriétaire du fonds, M. Antoine de Froissard, a fait classer et répertorier ses archives par l'archiviste Eric Syssau, en 2002-2003. M. Antoine de Froissard a fait imprimer l'inventaire détaillé de ce fonds correspondant à la sous-série 36 J, en 2003.

Les documents de la Chambre des comptes ont été remis en 2006 aux Archives départementales du Doubs pour être réintégrés définitivement dans leur fonds d'origine. Il s'agit des cotes 36 J 35-41 et 1934-1974. Ces documents ont été microfilmés par les Archives départementales du Jura sous les cotes suivantes : 36 J 35 (1 Mi 1486), 36 J 36- 41 (2Mi1524/1), 36 J 1934-1974 (1 Mi 1578 /1 -11).

L'inventaire a été révisé par M. Syssau  en conséquence en 2011, à l'occasion de la parution de l'inventaire au premier portail internet des Archives du Jura.