La sous-direction de l'aquaculture et de l'économie des pêches est chargée de la définition de la politique de l'aquaculture et de la politique relative à l'économie des pêches maritimes, notamment dans le cadre des relations avec l'Union européenne et les organismes internationaux concernés, et veille à sa mise en œuvre. Elle élabore, en liaison avec l'Union européenne et les différents organismes nationaux et internationaux concernés, la politique d'aide à l'investissement et de financement des entreprises de pêche maritime et continentale, d'aquaculture et de transformation des produits de la pêche et de l'aquaculture. Elle traite des questions internationales en la matière. Elle élabore, en liaison avec l'Union européenne et les différents organismes nationaux et internationaux concernés, la politique d'orientation, d'organisation et de valorisation de la production, de la première commercialisation et de la transformation des produits de la pêche et de l'aquaculture, et veille à sa mise en œuvre. Elle traite des questions de commerce international en la matière. Elle définit la réglementation fixant le régime des autorisations d'exploitation de cultures marines et la réglementation de la pêche à pied professionnelle. Elle détermine, en liaison avec l'Union européenne, la politique d'accompagnement du développement durable des zones dépendantes de la pêche et de l'aquaculture. Elle participe à la définition de la politique générale d'utilisation du littoral et des milieux aquatiques continentaux et des zones humides, en liaison avec les autres administrations concernées. Elle exerce la tutelle de l'Établissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer), des organismes de la coopération maritime et du crédit maritime mutuel et des organisations interprofessionnelles de l'aquaculture. Elle gère les crédits d'État et communautaires dans ses domaines de compétence.

La sous-direction de l'aquaculture et de l'économie des pêches comprend :

― le bureau de la conchyliculture et de l'environnement littoral ;

― le bureau de la pisciculture et de la pêche continentale ;

― le bureau de l'économie des pêches ;

― le bureau de la politique structurelle et des concours publics.

Au niveau direction, la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture (DPMA) est en charge de la réglementation des activités et des actions de soutien des secteurs de la pêche maritime et de l'aquaculture. Elle assure aussi le suivi économique et réglementaire de ces secteurs contribuant ainsi à la gestion durable des ressources aquatiques. Les enjeux de la politique des pêches sont à la fois économiques, écologiques et sociaux. Ainsi, elle conçoit, fait évoluer et appliquer la réglementation dans le domaine des pêches maritimes et de l'aquaculture (gestion de la flotte, des possibilités de pêche…). Elle définit la politique de conservation des ressources halieutiques au plan national, communautaire et international (gestion de la ressource, réduction de capacité de pêche…). Elle définit la politique de contrôle des pêches maritimes (en mer comme au débarquement et à terre, recueil des documents déclaratifs…). Elle limite les répercussions de la pêche sur l'environnement. Elle gère la pêche professionnelle en mer et en eau douce ainsi que de l'aquaculture marine et continentale. Ses missions ne s'arrêtent pas aux frontières de la France, la direction des pêches maritimes et aquaculture a de nombreuses actions au niveau européen et international. En effet, les migrations halieutiques ainsi que le chevauchement des stocks par rapport aux frontières marines des États nécessitent une gestion concertée entre les États. Par ailleurs, la politique française des pêches maritimes et de l'aquaculture s'inscrit dans le cadre européen de la Politique Commune de la Pêche (PCP) depuis 1983. L'objectif est de mieux concilier le principe d'une gestion équilibrée des ressources halieutiques avec les impératifs socio-économiques et territoriaux des activités de pêche dans les États membres. La DPMA participe à la définition et au soutien de la position française devant les instances européennes et défend les intérêts français et communautaires dans les organisations régionales de gestion de la pêche (ORGP). Elle coordonne la politique française au sein des instances internationales chargées d'élaborer des avis en matière de gestion des ressources halieutiques : collecte des données, réalisation de recherches, de bilans scientifiques, d'expertises dans le domaine des pêches maritimes.

L'histoire de la direction des pêches est ancienne. Un service de la pêche est créé en 1726 au sein des bureaux de la Marine puis réuni vers la fin de l'Ancien Régime au service de la navigation marchande. D'après les éléments recueillis dans les archives de la Marine, un bureau du commerce maritime et des pêches semble avoir existé depuis 1785 jusqu'à 1792. Ainsi, jusqu'en 1913, la direction des pêches et rattachée au ministère de la Marine. En effet, le ministère était alors en charge des tâches militaires mais aussi des tâches civile de l'amirauté, notamment du statut des gens de mer, de la sécurité de la navigation, de la police des pêches et de l'administration du domaine public maritime. Toutefois, le ministère du Commerce était en charge des primes à la Marine marchande et à la grande pêche. En 1913, un sous-secrétariat d'État à la Marine marchande rattaché à la Marine est créé pour reprendre les Missions civile du ministère de la Marine. Ensuite placée sous la responsabilité du ministère en charge de l'urbanisme, du Logement et des Transports, la direction est transférée sous la responsabilité du ministère en charge de l'Agriculture et de la Pêche, elle est alors dénommée direction des pêches maritimes et des cultures marines. Par décret n° 2013-667 du 23 juillet 2013 modifiant le décret n° 2008-636 du 30 juin 2008 fixant l'organisation de l'administration centrale du ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation et de la pêche, la direction est rattachée au ministère de l'Écologie, du Développement, durable et de l'Énergie.

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