Sous l'Ancien Régime, la perception des droits de douane et taxes assimilées est assurée par la Ferme générale. En 1790, l'Assemblée Constituante décrète l'abolition des douanes intérieures et des droits de traite perçus aux limites de chaque province ; les droits, fixés par un tarif unique, sont désormais perçus aux frontières du territoire. Une loi du 1er mai 1791 crée la régie des douanes nationales, chargée des réglementations d'inspiration protectionniste et qui dispose d'un code reprenant l'essentiel des procédures jusqu'alors en vigueur. À partir de 1801, la régie est dirigée par un directeur général assisté d'un conseil d'administration. Sous le Premier Empire, l'administration générale des douanes est placée dans les attributions du ministère des manufactures et du commerce, et les cours prévôtales des douanes sont mises en place par le décret du 18 octobre 1810. De 1815 à 1818, elle dépend de la direction des contributions indirectes, même si les deux administrations demeurent distinctes. À partir de 1815, la politique protectionniste assure à la douane une place prépondérante dans l'appareil d'État. La surveillance douanière se renforce aux frontières et à l'intérieur du territoire. Ses effectifs et ses moyens juridiques s'accroissent. Le personnel se répartit entre les bureaux (service sédentaire) et les brigades (service actif). De 1818 à 1851, la direction générale des douanes est indépendante de la direction des contributions indirectes. De 1851 à 1869, toutes deux sont regroupées dans une seule et même direction des douanes et des contributions indirectes. De 1869 à la Seconde guerre mondiale, la direction générale des douanes reprend son ancienne appellation et redevient distincte des contributions indirectes. À partir de la signature du traité de libre échange avec l'Angleterre en 1860, la réglementation douanière devient moins rigide pour permettre une plus large utilisation des régimes de transit, de l'entrepôt et de l'admission temporaire. En 1892, les adversaires du libre-échangisme l'emportent, favorisés par la conjoncture internationale. La direction générale des douanes doit alors appliquer des tarifs complexes, développer ses contrôles, s'adapter aux progrès technologiques et faire face à de nouvelles formes de fraude consécutives à l'apparition de nouveaux modes de transport (automobile et avion). En 1928, elle est chargée de la gestion de la TIP (taxe intérieure pétrolifère), mise en place par les lois du 16 et 30 mars 1928 organisant l'industrie du raffinage en France. Cette nouvelle attribution compense le déclin d'une autre contribution indirecte, l'impôt sur le sel. 1948 marque une nouvelle étape dans le transfert d'attribution pour les contributions indirectes entre la direction générale des impôts (DGI) et la direction générale des douanes qui devient la direction générale des douanes et des droits indirects (DGDDI). Celle-ci comprend des services centraux organisés en divisions dirigées par des administrateurs, et des services extérieurs répartis en directions régionales. Dans le contexte de la libéralisation des échanges des années 1950, les douanes sont confrontées à un nouvel environnement et doivent s'adapter : création de nouveaux bureaux à contrôles juxtaposés, ouverture des bureaux à l'intérieur du territoire, traitement par informatique des opérations de dédouanement, simplification des procédures. En 1993, les frontières fiscales disparaissent au profit de la libre circulation des personnes, des marchandises, des capitaux et des services à l'intérieur de la Communauté européenne. Cet événement entraîne une redéfinition des missions de la DGDDI, qui protège désormais l'économie et les citoyens européens des pays membres de l'Union européenne. La DGDDI intervient aussi en collaboration avec d'autres services dans la lutte contre les contrefaçons, la protection du patrimoine culturel, la défense de l'environnement ou le contrôle de la circulation des matières radioactives. L'ensemble des contributions indirectes qui restaient encore à la DGI lui sont transférées. 

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