Certaines congrégations religieuses avaient déjà été supprimées pendant la Révolution par la loi du 18 août 1792. Cette loi est confirmée par l'article 11 de la loi du 18 germinal an X (8 avril 1802) supprimant « tous les établissements ecclésiastiques autres que les chapitres cathédraux et les séminaires ».

Le décret du 3 messidor an XII (22 juin 1804) prévoit la dissolution de toutes les associations religieuses non autorisées et décide qu'aucune « agrégation ou association d'hommes ou de femmes sous prétexte de religion » ne peut se former sans être autorisée par un décret impérial.

Le décret du 18 février 1809 autorise les congrégations à vocation hospitalière, charitable et enseignante déjà implantées dans le département sous la Révolution française sur approbation de leurs statuts, et leur concède le droit de recevoir dons et legs. En effet, dès le début du XIX siècle, les congrégations à vocation hospitalière s'étaient progressivement reformées, leur interdiction ayant été suivie d'un grand vide dans les soins portés traditionnellement aux malades et aux indigents.

 

Sous la Restauration, la loi du 2 janvier 1817 impose la reconnaissance des congrégations existantes, autorise l'acquisition de biens immobiliers et rentes tout en maintenant le droit de recevoir dons et legs.

La législation des décennies qui suivent est de plus en plus favorable aux congrégations de femmes. Les ordres masculins apparaissent souvent suspects aux yeux des gouvernements successifs et n'obtiennent pas toujours leur reconnaissance légale, contrairement aux congrégations de femmes, plus favorisées par la législation en vigueur. Cependant, les congrégations religieuses d'hommes établies sans autorisation sont plus ou moins tolérées jusqu'en 1880.

 

La loi du 24 mai 1825 autorise l’ouverture de nouvelles congrégations, tandis que celles qui existaient avant le 1 janvier 1825 sont ouvertes par simple ordonnance royale d’autorisation.

Le décret du 31 janvier 1852 confirme ces dispositions. Le pouvoir politique considère l'ensemble de ces congrégations de manière bienveillante et tolérante, conscient de leur forte implication pour l'instruction et l'éducation de la jeunesse, mais également dans les soins hospitaliers ou caritatifs portés aux plus défavorisés. L'article 1 du même décret prévoit la reconnaissance d'une congrégation sur simple adoption de ses statuts, déjà vérifiés, enregistrés et approuvés.

 

À partir de 1880, la législation et surtout son application se durcissent progressivement.

L'expulsion des congrégations de 1880 est un événement  majeur qui consiste en la dispersion des , . Ces expulsions font suite à la signature, le 29 mars 1880, de deux  par le gouvernement de , et plus précisément par , , et , . Le premier prévoit la suppression de la  (les Jésuites) sur le territoire français, et le second met en demeure les autres congrégations non autorisées de demander une autorisation légale sous peine de subir le même sort que les Jésuites.

Ces décrets sont publiés dans le contexte de l'installation de la III République. Cet affermissement du régime est marqué par un  militant de la part des  et des  ainsi que par une volonté de soustraire l'enseignement à l'influence des congrégations accusées d'être des ferments de .

 

L'application du premier décret entraîne dès le 30 juin 1880 l'éviction des Jésuites de tous leurs établissements. Les autres congrégations ayant refusé de déposer les demandes d'autorisation par solidarité avec la Compagnie de Jésus, Charles de Freycinet entame des négociations pour obtenir leur ralliement déclaratif à la République. La révélation de ces tractations secrètes par le journal  provoque sa démission et l'arrivée au pouvoir de . Ce dernier fait appliquer le second décret avec sévérité, entraînant l'expulsion des autres congrégations masculines non autorisées. La plupart des membres des congrégations s'étant barricadés dans leurs locaux, l'intervention de l' est plusieurs fois requise par les  et les expulsions donnent lieu à des scènes parfois violentes, dont l'ouverture de portes à la hache ou la destruction de serrures.

L'application des décrets rencontre un mouvement d'opposition non négligeable. Contestés devant les , ils font également l'objet de débats et d'incidents à la  et au . Des groupes de fidèles et de militants  assistent aux expulsions pour acclamer les religieux et conspuer les . Enfin, plusieurs centaines de  et de  chargés de faire exécuter les décrets présentent leur , heurtés dans leurs convictions personnelles.

L'expulsion des congrégations provoque la dispersion de 6 589 religieux. Si certains choisissent de continuer à mener une  par petits groupes, dans des maisons mises à dispositions par des , d'autres prennent le chemin de l'exil pour reconstituer leur congrégation à l'étranger comme en , destination principale des congréganistes. Le retour des religieux dans leurs établissements se fait peu à peu dans les années suivantes à l'occasion de la politique d’apaisement qui s'installe entre le  et le gouvernement français à partir de 1885, apaisement qui conduira finalement au . Néanmoins, les  ne renoncent pas à leur entreprise de  ; le déclin de l'enseignement congréganiste est amorcé et le coup fatal lui est porté par la  en 1904, soit vingt-quatre ans après l'expulsion de 1880.

 

En outre, une taxe d’accroissement, fixée par les lois du 28 décembre 1880, 29 décembre 1884 et 16 avril 1895, touche les congrégations : il s’agit une taxe annuelle et obligatoire sur la valeur brute des biens meubles et immeubles due par toutes les congrégations, autorisées ou non. Les biens affectés à des œuvres d’assistance aux infirmes, malades et indigents, enfants orphelins et abandonnés peuvent être exemptés par un décret en conseil d’État.

 

La loi du 1 juillet 1901 portant sur le contrat d'association, décide que les congrégations doivent être autorisées par une loi à la différence de toute autre forme d'association, et que les établissements qu’elles souhaitent fonder doivent l’être par un décret rendu en conseil d’État. Pour y parvenir, les congrégations doivent déposer une demande d’autorisation. Un décret rendu en conseil des ministres peut dissoudre la congrégation ou fermer un établissement. L’article 14 de cette loi s’attaque finalement à l’enseignement en l’interdisant aux congrégations non autorisées. À l’été 1902, 3000 écoles non autorisées de congrégations autorisées sont fermées sur le territoire national, par ordre d’Emile Combes, président du conseil.

En mars et juin 1903, la Chambre rejette massivement les demandes d’autorisation des congrégations déposées selon la loi de 1901, à la demande d’Emile Combes.

Enfin, la loi du 7 juillet 1904 interdit à toute congrégation religieuse d’enseigner et ordonne la suppression sur dix ans de toutes les congrégations exclusivement enseignantes. Les congréganistes sont donc obligés de cesser d’enseigner ou de se séculariser.

Le décret du 2 janvier 1905 oblige les congrégations mixtes à modifier leurs statuts en supprimant les clauses relatives à l’enseignement.