Héritier de la direction générale de l'administration (DGA), le secrétariat général (SG) a été créé par le décret n° 2004-81 du 26 janvier 2004. Le secrétariat général exerce une mission opérationnelle. Il anime l'action territoriale conduite par le réseau des préfectures de zone de défense, des préfectures de région, des préfectures et sous-préfectures. Il est chargé de l'allocation des moyens humains et financiers, de la simplification des titres, de la gestion de la carrière des membres du corps préfectoral, de l'organisation des élections, de la conception de la réglementation relative à l'administration territoriale et de la sécurité routière. Il assure la centralisation des rapports hebdomadaires des préfets et en réalise la synthèse nationale.

Il exerce aussi une mission de sécurité nationale. Haut-fonctionnaire de défense, le secrétaire général organise et coordonne l'action du ministère dans le domaine de la sécurité nationale. Le secrétariat général anime la chaîne de commandement et est chargé du centre interministériel de crise à l'hôtel de Beauvau, des exercices, du pilotage des crises avec les ministères compétents, de la mobilisation de la chaîne territoriale de gestion de crise et de l'évaluation des risques émergents.

Enfin, il a en charge une mission de gestion. Il assure l'ensemble des fonctions transversales comme la gestion des personnels administratifs, la préparation et l'exécution des budgets, la gestion du patrimoine immobilier, le contrôle de gestion, l'audit interne, les mutualisations, les distinctions honorifiques, la communication interne et externe pour l'administration, la Police, la Gendarmerie et la Sécurité civile. Pour l'exercice de ses missions de défense, le secrétaire général est assisté d'un haut fonctionnaire de défense adjoint, chef du service du haut fonctionnaire de défense et d'un cabinet.

La gestion du personnel a toujours été rattachée à une sous-direction du personnel, elle-même rattachée à une direction générale : la direction du personnel et des affaires politiques en 1957, la direction générale des affaires politiques et de l'administration du territoire vers 1960-1961, la direction centrale des affaires administratives et financières et des services communs en 1967 ou 1968, la direction générale de l'administration (DGA) en 1974. Le décret n° 85-1057 du 2 octobre 1985 crée la direction du personnel, de la formation et de l'action sociale (DPFAS) qui perdure jusqu'en janvier 2004. Enfin, le décret n° 2004-81 du 26 janvier 2004 qui remplace la DGA par le secrétariat général (SG), substitue à la DPFAS la direction des ressources humaines (DRH).

La direction des ressources humaines est organisée en trois sous-directions : la sous-direction des personnels (SDP), la sous-direction du recrutement et de la formation (SRDF) et la sous-direction de l'action sociale (SDAS). Elle se réorganise en septembre 2007.

La DRH a pour mission d'organiser les orientations du ministère pour la modernisation des statuts et la gestion des ressources humaines. Elle assure la gestion des corps de fonctionnaires et des agents de l'administration centrale et déconcentrée, à l'exception du corps préfectoral, des administrateurs civils, des membres de l'inspection générale de l'administration (IGA) et des personnels relevant de la direction générale de la Police nationale. Pour ce personnel, elle s'occupe du suivi des besoins. Elle assure les politiques de formation et la conduite des actions de formation pour les personnels relevant du secrétariat général. Elle s'occupe des politiques d'action sociale et de leur mise en œuvre dans les services relevant de sa compétence. Enfin la DRH a pour mission de traiter les contentieux relatifs à la situation individuelle des fonctionnaires et agents relevant de sa compétence.

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