Des origines à 1775, le Dépôt des cartes, plans et journaux de la Marine suivit les bureaux et archives du ministère installés d'abord dans le couvent des Petits Pères près de la place des Victoires à Paris puis, à partir de 1763, à Versailles dans les hôtels de la Guerre, de la Marine et des Affaires étrangères (actuelle rue de l'Indépendance américaine). En 1775, le Dépôt regagne Paris et s'installe dans l'ancienne maison des Jésuites de la rue Saint-Antoine (lycée Charlemagne). Pendant la Révolution il est fusionné avec celui de la Guerre et transféré place des Piques (Vendôme). Retrouvant son indépendance en 1795, il rejoint l'hôtel d'Egmont-Pignatelli (détruit lors du percement de l'avenue de l'Opéra sous le Second Empire) auquel succède sous la Restauration l'hôtel Feydeau, rue de l'Université avant le transfert définitif des services à Brest en 1971. Les archives du Service hydrographique connaissent au XXe siècle des déménagements à Rochefort dus aux guerres mondiales et plusieurs versements dans divers établissements. Un premier ensemble comprenant l'actuelle sous-série Marine 5JJ entre aux Archives nationales en 1922 ; celle-ci est immédiatement dotée par Georges Bourgin d'un inventaire, imprimé seulement en 1963, qui est repris presque intégralement dans le présent intrument de recherche.