L'abbaye est fondée en 1239 par Bure de Prey, seigneur de Préy, et Marie d'Anglure, sa femme. D'après les termes de la charte de fondation, établie comme lieu de sépulture des seigneurs de Noyers, par ailleurs parents du donateur, elle est habitée par un groupe de religieuses venues de l'abbaye Notre-Dame-des-Isles et dirigée par Béatrice de Noyers. D'abord placée sous l'autorité de l'abbé de Clairvaux, elle est rattachée à l'abbé de Fontenay dès 1251. Une légende formée de l'apparition de la Vierge, prenant les traits de l'épouse d'un chevalier venant de conclure un pacte avec le Diable, en 1200, vaut à l'abbaye son vocable de "Notre-Dame-du-Bon-Repos", et le développement d'un pèlerinage existant encore au milieu du XVIIIe siècle. La donation initiale de Bure de Prey dote l'abbaye de terres et de prés environnant une maison, qui sert dans les premiers temps de monastère. Cependant, dès 1256, les conditions d'implantation n'étant pas propices à la prospérité de l'établissement, la supérieure sollicite de l'évêque d'Autun le transfert de la communauté vers la léproserie de Cerce, située à quelques kilomètres. Le projet n'aboutit finalement pas, mais la maison de Noyers dote et consolide le temporel de l'abbaye qui dispose désormais d'un modeste domaine réparti entre Marcilly et Noyers. En 1460, les religieuses sont transférées à l'abbaye Notre-Dame-du-Réconfort (Saizy, Nièvre) et remplacées par des moines provenant de Fontenay ou de Clairvaux. L'abbaye, dévastée durant la guerre de Cent ans, puis pendant les guerres de Religion, est séquestrée en 1790 ; ses biens sont inventoriés au mois de novembre et vendus le 4 mars suivant. L'église médiévale est détruite en 1795 seuls subsistent le bâtiment de l'abbé, construit au XVIIIe siècle, et un colombier.