La procédure de jugement des prises maritimes effectuées à l’occasion des guerres remonte au Moyen Âge. Dès le XVe siècle, l'instruction et le jugement des prises en première instance étaient confiés aux officiers de l’amirauté. Ce n’est qu’au XVIIe siècle cependant que des institutions spécifiques furent créées pour le jugement des prises.

En 1659 était ainsi instituée une commission extraordinaire de conseillers d’État et de maîtres des requêtes, le Conseil des prises, pour assister le grand maître de la navigation en matière de jugement des prises maritimes. À partir de 1695, ce Conseil était présidé par l’Amiral de France, avec appel auprès du Conseil royal des finances. Le fonctionnement de cette juridiction était réglementé par l’ordonnance d’août 1681 sur la marine. Cette juridiction ne fonctionnait qu’en temps de guerre, mais son activité était prolongée jusqu’au règlement des affaires en instance.

Le Conseil des prises fut dissout par la loi du 14 février 1793 qui attribua la connaissance des affaires de prises maritimes aux tribunaux de commerce. Cependant, cette compétence fut successivement transférée au Conseil exécutif puis au Comité de Salut public, avant de revenir aux tribunaux de commerce (3 brumaire an IV).

Un Conseil des prises fut rétabli par un arrêté du 6 germinal an VIII, composé de neuf conseillers d’État, d’un commissaire du Gouvernement et d’un secrétaire, nommés par le Premier Consul. La réglementation des prises maritimes fut par ailleurs réformée par l’arrêté du 2 prairial an XI sur le règlement des armements de course, qui est resté le texte de référence jusqu’au traité de Paris de 1856. Un appel des décisions du Conseil des prises auprès du Conseil d’État fut enfin institué le 11 juin 1806.

Supprimé le 9 janvier 1815, le Conseil des prises fut restauré par décret impérial du 18 juillet 1854, à l'occasion de la guerre de Crimée.

À l’issue du congrès de Paris, les plénipotentiaires adoptèrent, en effet, le 16 avril 1856, une déclaration commune abolissant la course et protégeant les navires neutres, sauf s’ils transportaient des marchandises déclarées contrebande de guerre, ainsi que les marchandises neutres, sauf si elles étaient déclarées contrebande de guerre.

Le Conseil des prises fut réformé par le décret impérial du 9 mai 1859, à l’occasion de la guerre franco-autrichienne.

En vertu de ce décret, le Conseil des prises eut pour fonction de statuer sur la validité de toutes les prises maritimes faites dans le cours de la guerre. Il statuait également sur les constatations relatives à la qualité des navires neutres ou ennemis, naufragés ou échoués, et sur les prises maritimes amenées dans les ports des colonies.

Composé d’un conseiller d’État, de six membres (dont deux maîtres des requêtes au Conseil d’État) et d’un commissaire du Gouvernement nommés par décret, il rendait des décisions qui ne devenaient exécutoires que huit jours après notification, sauf recours devant le Conseil d’État. Ses frais de fonctionnement étaient assurés par la caisse des invalides de la marine.

Un décret du 28 novembre 1861 compléta le dispositif en ordonnant que le Conseil des prises institué en 1859 sera maintenu. Il continua ainsi à fonctionner pour les prises effectuées lors de l’expédition du Mexique, de la guerre franco-prussienne de 1870 et des expéditions d’Indochine.

La réglementation des prises maritimes évolua ensuite au cours des grandes conférences réglementant le droit de la guerre : convention de La Haye de 1907 avec la signature de la Convention du 18 octobre 1907 relative au régime des navires de commerce ennemis au début des hostilités, Conférence navale de Londres de 1909 avec la signature de la déclaration relative au droit de la guerre maritime du 26 février 1909.

Le Conseil des prises fut automatiquement réactivé avec le déclenchement de la Première Guerre mondiale. Plusieurs textes marquèrent son fonctionnement : notification du Gouvernement du 11 août 1914 relative aux articles considérés pendant le cours des hostilités comme contrebande de guerre ; décret du 25 août 1914 relatif à l’application, durant la guerre, de la déclaration signée à Londres le 26 février 1909 relative au droit de la guerre maritime ; décret du 6 novembre 1914 relatif à l’application, au cours de la guerre actuelle, des règles de droit international maritime ; décret du 16 mars 1915 relatif aux mesures prises pour arrêter les marchandises appartenant à des sujets de l’Empire d’Allemagne, ou venant d’Allemagne, ou expédiées sur l’Allemagne ; loi du 15 mars 1916 déterminant le mode d’attribution des prises maritimes.

Dans le cas des arrêts de marchandises prévus par le décret du 16 mars 1915, le Conseil des prises était saisi, dans les deux jours qui suivent l’arrivée du navire dérouté, pour statuer sur le caractère des marchandises saisies. Le service des prises du port adressait alors au commissaire du Gouvernement près le Conseil des prises les papiers de bord et les documents justifiant le déroutement.

Le Conseil continua ses travaux jusqu’en 1927 et fut ensuite mis en sommeil.

Il fut réactivé au début de la Seconde Guerre mondiale avec la publication des textes suivants : décret-loi du 1er septembre 1939 relatif aux prises maritimes ; notification du Gouvernement français relative aux articles considérés pendant le cours des hostilités comme contrebande de guerre.

Le Conseil continua ses travaux jusqu’en 1965.