La direction des fonds est créée par arrêté du 29 février 2012 relatif à l'organisation du SCN Archives nationales.

Au sein des Archives nationales, la direction des fonds est chargée, en lien avec les autres directions, de la collecte, du tri, de l’étude, du classement et de l’inventaire des archives publiques et privées placées sous la responsabilité du service Archives nationales, sous réserve, en ce qui concerne les archives électroniques et audiovisuelles, des compétences de la direction de l’appui scientifique.

Elle participe à l’orientation des chercheurs, à la communication et à la valorisation des documents en lien avec la direction des publics.