Le 25 novembre 1992, près d’une centaine de personnalités, pour la plupart anciens résistants et déportés de diverses sensibilités politiques, mais aussi historiens de la Seconde Guerre mondiale, approuvent en y apposant leur signature les statuts de la Fondation de la Résistance, destinée à défendre et à transmettre l’héritage historique et moral de la Résistance au-delà de la vie des derniers témoins. Sa création devient officielle avec le décret du 5 mars 1993 portant reconnaissance d’utilité publique de la Fondation, placée sous le haut patronage du président de la République.

Ses missions sont les suivantes :

• Sauvegarder la mémoire de tous les actes individuels et collectifs ayant marqué la résistance intérieure et extérieure contre l’occupant nazi entre 1940 et 1945, en encourageant notamment la recherche historique dans ce domaine, et lutter contre toutes les formes de négationnisme ;

• Transmettre aux jeunes générations et à la société civile les valeurs individuelles et collectives qui motivaient les acteurs de la Résistance sous toutes ses formes ;

• Pérenniser la mémoire des associations d’anciens résistants.

Ainsi, la Fondation de la Résistance conduit et soutient des travaux de recherche historique, notamment en organisant des colloques et en publiant leurs actes. En 2006, elle a fait paraître, avec la contribution de nombreux historiens, leDictionnaire historique de la Résistance. Elle finance également des contrats de recherche pour des étudiants en thèse sur le thème de la Résistance pendant la Seconde Guerre mondiale, et met à disposition du public une importante bibliothèque spécialisée et un centre de documentation.

Soucieuse de préserver et de valoriser le patrimoine physique de la Résistance, elle est depuis le début des années 2000 partie prenante dans la campagne nationale de sauvegarde des archives privées de la Résistance et de la Déportation conduite en partenariat avec la Fondation pour la mémoire de la déportation, les Archives de France (ministère de la Culture) et la direction des Patrimoines, de la Mémoire et des Archives (ministère des Armées). Elle a par ailleurs mis en place avec l’Institut national du Patrimoine des séminaires de formation et de réflexion sur l’avenir des musées de la Résistance et de la Déportation. Dans le cadre de ses activités pédagogiques, la Fondation, porteuse de l’héritage des fondateurs du Concours national de la Résistance et de la Déportation (CNRD), participe à l'organisation de cette épreuve et réalise un dossier pédagogique préparatoire lorsque son thème intéresse la Résistance. Elle coordonne aussi des formations académiques à destination des enseignants, avec le concours d’historiens, d’archivistes et d’écrivains.

Depuis 2012 et la dissolution de l’Association pour des études sur la résistance intérieure (AERI), devenu l’un de ses départements, la Fondation de la Résistance a également la charge du Musée de la Résistance en ligne, site portail ambitionnant de rassembler des ressources archivistiques et pédagogiques et de valoriser les thématiques nationales et locales liées à la Résistance, par le biais notamment d’expositions virtuelles.