Pendant la Révolution, de 1789 à 1796, les affaires de police relèvent successivement des attributions des secrétaires d'État (Maison du roi, Guerre), puis du ministère de l'Intérieur à partir de sa création en août 1790. Sous la Convention nationale, les compétences de la police reviennent à la Commission des administrations civiles, police et tribunaux, mais également au Comité de sûreté générale et au Comité de salut public.

C’est sous le Directoire que la création du ministère de la Police générale est actée par la loi du 12 nivôse an IV (2 janvier 1796). Le ministère est chargé des fonctions de police administrative, judiciaire et politique et intervient en renfort du ministère de l’Intérieur. Entre 1796 et 1799, de nombreux ministres aux mandats courts se succèdent à sa tête, traduisant l’envergure et l’attrait limités de son portefeuille. En effet, le ministère, simple organe administratif, déploie son autorité dans le périmètre restreint que lui a conféré le Directoire : rassembler des renseignements, centraliser les informations et superviser l’action des diverses polices existantes. Mais le ministère de la Police générale prend une autre ampleur à la nomination de Joseph Fouché à sa tête, en juillet 1799. Membre de la Convention, successivement girondin puis montagnard, il est chargé en 1793 de la répression des mouvements antirévolutionnaires et s’est notamment illustré par sa brutalité à Lyon.

La Police générale revêt une importance majeure sous le Consulat puis sous le règne de Napoléon, tout en étant étroitement liée à la personnalité de Fouché, à sa carrière et à sa relation avec le pouvoir en place. Les méthodes de la police sont perfectionnées et le portefeuille du ministère est élargi. Ainsi, les bons rapports entre Joseph Fouché et Napoléon Bonaparte maintiennent le ministre en exercice plus de trois ans. En revanche, lorsqu’à force d’intrigues et de prises d’initiative inopportunes, le ministre entre en disgrâce auprès du Premier Consul, le ministère est supprimé le 18 fructidor an X (14 septembre 1802). Ses attributions sont alors confiées au ministère de la Justice et les policiers placés sous l’autorité du garde des Sceaux, Claude Ambroise Régnier.

Le retour en grâce de Joseph Fouché se traduit par le rétablissement, par le décret du 21 messidor an XII (10 juillet 1804), du ministère de la Police générale. Ce dernier connaît alors, pendant les dix années qui s’ensuivent, sa plus longue période d’activité sans interruption ; activité qui coïncide avec la durée d’existence du Premier Empire. Toutefois, le ministère de Joseph Fouché partage ses prérogatives et son influence avec la préfecture de police et la gendarmerie d’élite d’Anne Jean Marie René Savary, ce qui donne lieu à une compétition entre ces différents organes policiers. Cette « guerre des polices », ainsi que la personnalité du ministre de la Police générale, ont finalement raison du mandat de Joseph Fouché qui, de nouveau en disgrâce auprès de Napoléon Ier, est destitué en 1810. Il est remplacé par Anne Jean Marie René Savary qui reste en poste jusqu’à la chute de l’empereur en 1814.

Le ministère est supprimé une nouvelle fois lors de la Première Restauration par un décret du 20 mai 1814, faisant ainsi place à la direction générale de la police, structure issue de la fusion entre le ministère et la préfecture de police.

Lors des Cent-Jours, Napoléon rétablit le ministère de la Police générale par un décret impérial du 20 mars 1815, et Joseph Fouché est une nouvelle fois nommé à sa tête. Il y demeure pendant toute la durée des Cent-Jours. Louis XVIII, après son retour au pouvoir, conserve le ministère encore trois ans, avec à sa tête Elie Decazes. Mais le 20 décembre 1818, une ordonnance royale supprime une nouvelle fois le ministère de la Police, dont le portefeuille est redistribué aux ministères de l’Intérieur et de la Justice.