Autre site emblématiique de la carrière de Claude Schaeffer, Enkomi (Chypre) est un haut lieu de la culture chypriote antique. Si le fouilleur lui a apposé le nom d'Alasia, celui-ci est plutôt contesté. Toujours est-il que le fonds Schaeffer est une source d'information peut-être sans égale à l'heure actuelle sur le site d'Enkomi, alors que l'île est toujours l'objet d'une partition. Il s'avère que de nombreux documents ont été perdus, ou demeurent inaccessibles, depuis 1974.