Intitulé Publications spéciales , ce carnet de notes de 106 pages au format 17 x 22 cm a été écrit en 1866. Sa particularité est de contenir les textes préparatoires à deux articles importants dans l'œuvre de Claude Bernard. L'un paru dans la Revue des deux mondes et l'autre dans le Journal des savants. S'y ajoute également les notes ayant débouché sur son fameux Rapport sur le progrès et la marge de la physiologie générale en France publié à Paris en 1867. Ces textes sont tous les trois datés de Janvier 1866 (page 3 concernant la Revue des deux mondes, page 27 concernant le Journal des savants et page 79 pour le propos ayant servi au rapport). Relevons en page 19 ces quelques mots écrits au crayon à papier noir en grand caractère : Physiologie, physiologie c'est en moi !

Notons encore pages 26 et 27 et 29 un important commentaire sur la Pathologie Cellulaire de Rudolf Virchow (1821-1902). Il s'agit un projet d'article qui ne vit jamais le jour. Claude Bernard et Virchow, deux monuments de la physiologie du XIXe étaient en rapport épistolaire sans s'être jamais physiquement rencontré. Bernard qualifie Virchow de personnalité allemande la plus puissante (cf. P. 26-29), néanmoins le commente avec une certaine sévérité et le rapproche plus de la pensée anatomo-pathologique que de l'approche expérimentale. (Voir à ce sujet le commentaire de M. D. Grmek, dans Le Legs de Claude Bernard, Fayard 1977, pages 376-383)

Enfin, citons la dernière page (p. 104) qui recueille cette réflexion : Zoologistes. La science ne saurait avoir pour but d'entasser des cailloux étiquetés, des plantes desséchées et des animaux empaillés des pièces dans des beaucaux (sic). La science est l'action. Les collectionneurs minéralogistes ou botanistes sont (illisible) des collectionneurs. Un objet (illisible) mais inutile a un prix inestimable. Qu'on ne travestisse pas ma pensée et qu'on ne me fasse pas dire que je méprise la zoologie et les collectionneurs. Non, c'est nécessaire ; mais ce que je n'admets pas c'est que ce soit (illisible) le but de la science. Le but de la science, c'est la vie, c'est l'action .