Dans le cadre de la réforme de la gouvernance hospitalière lancée par les pouvoirs publics, qui se traduit par une transformation des organisations des activités administratives et médicales, l'AP-HP commence sa réorganisation. Ainsi le fonctionnement des comités centraux et locaux est étudié et parfois repensé. Au niveau local, les hôpitaux s'organisent dorénavant en pôles d'activités. Pour mener à bien cette réforme qui doit aboutir avant 2007, les hôpitaux définissent sept volets de réorganisation : mettre en place un Conseil exécutif local (CEL), organiser l'hôpital en pôles, nommer les chefs de pôle et leurs équipes, lancer les travaux sur les projets de pôles et les modalités de leur fonctionnement interne, élaborer le contrat de pôle et mettre en place la délégation de gestion, permettre au CEL d'exercer un contrôle et un suivis de manière durable.