Le noyau des archives coloniales, au sein de celles de la Marine, s'est différencié au cours des temps, comme l'administration dont il est issu. Le sous-secrétariat d'État aux Colonies, institué en novembre 1881, eut une existence éphémère. Ressuscité en 1883, il fut rattaché alternativement aux départements du Commerce, de la Marine (1892), du Commerce et de l'Industrie (1893). La loi du 20 mars 1894 l'érigea en ministère. Jusqu'en 1920, il fit l'objet de nombreuses réformes de structure, oscillant entre deux tendances, l'une consistant à affirmer la personnalité de chacune des colonies par une division géographique des services de l'administration centrale, l'autre voulant exprimer, par une division méthodique, la personnalité de l'ensemble colonial par rapport à la métropole. Ce dernier principe, définitivement reconnu dans la loi du 31 juillet 1920, consacrait une évolution à la fois politique et administrative, donnant au ministère des Colonies la physionomie d'une direction gouvernementale globale où les différents pôles de l'action étaient représentés en tant que tels : affaires politiques, économiques et sociales, travaux publics, affaires militaires, santé, personnel, contrôle. À l'issue des années de guerre et de résistance, pendant lesquelles certains territoires d'outre-mer ont tenu un rôle notable, le ministère reçut l'appellation de France d'outre-mer dans le gouvernement constitué le 26 janvier 1946 (un très bref ministère avait existé sous ce nom du 30 janvier au 9 février 1934 sous la direction de Henri de Jouvenel). En raison de leur départementalisation (loi du 19 mars 1946), la Guadeloupe, la Martinique, la Guyane et la Réunion cessèrent de relever de ce ministère. En application des principes édictés par la constitution du 4 octobre 1958, le ministère de la France d'outre-mer fut supprimé.