Jusqu'en 1858, les prisonniers de l'arrondissement de Trévoux sont incarcérés dans un bâtiment vétuste du centre ville, face à l'église et à proximité du palais de justice. Après le déménagement, cette construction sera démolie en 1860 pour agrandir la place du palais de justice et dégager l'hôtel de sous-préfecture. En 1889, elle sera cédée gratuitement à la ville de Trévoux, qui utilisera l'emplacement pour l'agrandissement et la transformation de l'hôtel de ville.

La nécessité de reconstruire un édifice se fait sentir au milieu du XIXe siècle, au fur et à mesure que les conditions de salubrité de l'ancienne prison se dégradent. L'architecte départemental, Charles Martin, est retenu pour le projet et ses plans sont approuvés par le ministre de l'Intérieur le 18 septembre 1853. Le terrain choisi, à l'entrée de la ville, sur la route de Bourg-en-Bresse, n'est acquis que deux années plus tard, au terme d'une longue procédure d'expropriation. La prise de possession par les services pénitentiaires du bâtiment achevé a lieu le 30 juin 1859.

A la fin du XXe siècle, les dépenses d'entretien deviennent trop coûteuses. De plus, le nombre de prisonniers baisse considérablement. Au printemps 1990, lors de la fermeture définitive de la prison, on compte plus que 32 prisonniers à Trévoux. C'est la nouvelle maison d'arrêt de Villefranche-sur-Saône, construite à cette époque, qui accueillera les détenus ainsi que le personnel, soit une vingtaine de gardiens et d'employés administratifs. Le monument est aujourd'hui transformé en logements et porte le nom de "Résidence La Liberté".