Les archives du CFC/AAFC avaient été déposées dans les caves de l'Alliance française (101 boulevard Raspail, Paris 6e) en 1940 ; elles y furent retrouvées en 1972, et offertes au Centre de recherches et de documentation sur la Chine contemporaine (CRDCC). L'ensemble du fonds, regroupé en dix-sept caisses, comprenait pêle-mêle livres, revues et archives. Les livres et les revues ont été intégrés au fonds de la bibliothèque du Centre, tandis que les archives ont commencé à être dépouillées par Mlle Alberte Tang. S la demande de cette dernière, un premier inventaire succinct en a été dressé, l'année même de leur arrivée au Centre, par M. Li Huang, qui attirait l'attention sur leur intérêt dans un article paru dans la revue Zhuanji wenxue (Biographical literature) en 1974 (Cf. Li Huang, "Bali xiancun guanyu liu Fa qingong jianxuesheng jiuji shikuang dang'an zhaiyao" (Sommaire des archives conservées à Paris concernant l'état réel des secours accordés aux étudiants-ouvriers en France), vol. XXIII, n° 4, 1974, pp. 15-20).

C'est à l'automne 1977 que le CRDCC a confié à Geneviève Barman et Nicole Dulioust la tâche d'archiver systématiquement ces documents et d'en établir le catalogue. Dans l'intervalle, les archives avaient été ouvertes à ceux qui en faisaient la demande. Tel qu'il a été trouvé au début du travail de classement, le fonds présentait d'importantes lacunes, imputables sans doute à diverses causes. Le dossier administratif en particulier, est très incomplet : il manque plus de la moitié des procès-verbaux des séances du CFC/AAFC. Si l'on peut en partie compléter ces manques par les archives du Ministère des Affaires Étrangères, qui contiennent les doubles de certains procès-verbaux (AAE, Direction des affaires politiques et commerciales, série E, carton 27, dossier 4), une autre perte semble, en revanche, irréparable : celle des dossiers personnels des 2136 étudiants-ouvriers recensés par le CFC. L'existence de ces dossiers est confirmée dans le procès-verbal de la séance du CFC du 4 mars 1922 [A/1-1 (3) : "A l'heure actuelle nous possédons 1209 dossiers individuels avec photographies contenant le plus de renseignements possibles sur l'état civil, le degré d'instruction reçu en Chine et à l'étranger, la mentalité, la valeur intellectuelle et les aptitudes spéciales de chaque patronné. Ces renseignements nous sont indispensables pour pouvoir les recommander à bon escient"]. De fréquents renvois à ces pièces existent aussi dans les parties B et C, et leur présence est attestée par Li Huang dans l'article précité ; il a confirmé à G. Barman et N. Dulioust les avoir vues sans les lire car elles étaient rédigées en français (Lettre de Li Huang aux auteurs en date du 22 mars 1980). L'article de Li Huang fait aussi allusion à l'existence de listes dressées par la SEFC de Shanghai à l'occasion de chaque embarquement d'étudiants-ouvriers à destination de la France ; elles n'ont pas non plus été retrouvées.

Entre le recensement de Li Huang et le début du travail des deux auteurs, des pièces importantes ont donc disparu. Malgré les recherches effectuées, leur trace n'a pas été retrouvée. Ces lacunes ont été aussi constatées par Cheng Tcheng (Cheng Cheng), qui a eu accès aux dossiers en 1975. Nous pouvons donc situer la disparition de ces documents entre 1972 et 1975. Cela ne signifie pas pour autant que toutes les pertes soient postérieures à l'arrivée des archives au CRDCC. On peut en effet penser que certaines pièces se sont égarées lors de la mise en caisses précipitée en 1940, ou que certains dossiers jugés importants ont été conservés ailleurs qu'à l'Alliance française. Il nous reste en effet peu de documents pour la période 1925-1940 et d'autres pièces ont pu être entreposées ailleurs. Des chemises vides ayant heureusement été conservées, certaines lacunes se laissent apercevoir, en particulier la perte de la liste des rapatriés du Paul Lecat [Furent rapatriés sur le Paul Lecat les étudiants ayant participé à la manifestation d'octobre 1921 contre l'Institut franco-chinois de Lyon. Parmi eux figuraient plusieurs futurs dirigeants du Parti communiste chinois], ainsi que celle de dossiers d'établissements d'enseignement, comme celui de l'Université de Poitiers. Il existe aussi, dans la répartition en grandes catégories faite par l'AAFC, des cotes qui ne correspondent à aucun dossier (cf. C/1 et B/4). L'AAFC avait en effet commencé un premier classement et il est probable qu'un certain nombre de pertes remonte aussi à cette époque. Ce qui est certain, c'est que l'AAFC avait entrepris de remplacer la correspondance originale du CFC par des fiches baptisées par les deux auteurs "notes-mementos", qui sont loin de restituer le contenu intégral des lettres.

En dépit de l'ampleur des pertes, qui touche essentiellement le dossier administratif, il reste aujourd'hui pour rendre compte des activités du CFC 202 dossiers d'établissements d'enseignement et 868 dossiers d'entreprises. Demeurent aussi les attestations et les reçus individuels signés par les étudiants-ouvriers, dont certains devaient devenir célèbres.