En l'an VI, les trois hospices civils de Besançon, l'hôpital Saint-Jacques, celui du Saint-Esprit et l'hospice Saint-Jean-l'Aumônier sont réunis, soumis à une seule administration composée de cinq membres et placés dans les mêmes locaux, ceux de l'hôpital Saint-Jacques, pour des raisons économiques.