Albert Gaudry (1827-1908) est un des principaux fondateurs de la paléontologie historique. Il entre au Muséum dans le Laboratoire de Géologie dirigé par Louis Cordier. Après avoir soutenu sa thèse en 1852, il devient l’année suivante l’assistant d’Alcide d’Orbigny, premier titulaire de la Chaire de Paléontologie du Muséum, qui est aussi son beau-frère. Entre 1855 et 1860, il part en mission en Méditerranée orientale, à Chypre en particulier, et à son retour, découvre le gisement de Pikermi en Grèce, riche en mammifères fossiles.

Gaudry est un précoce défenseur des idées transformistes et suit dès 1859 Boucher de Perthes dans son affirmation de l’ancienneté de l’homme. Il publie le résultat de ses fouilles dans l’ouvrage Animaux fossiles et géologie de l’Attique entre 1862 et 1867, où il réitère son attachement à la théorie de l’évolution et à la transformation des espèces dans le temps et où il établit les enchaînements généalogiques entre les mammifères fossiles et les actuels. Même si Gaudry ne partage pas l’ensemble de ses convictions (en particulier l’idée de la lutte pour la vie) et demeure croyant, c’est à lui que l’on doit en grande partie l’introduction et la défense des idées de Darwin en France alors que l’idéologie fixiste de Cuvier triomphe encore dans son pays.

En 1872, il devient professeur de Paléontologie du Muséum, et développe son Laboratoire jusqu’à sa retraite en 1902.

Echelonnée entre 1878 et 1890, sa publication des Enchaînements du monde animal dans les temps géologiques expose le tableau de l’évolution des formes animales à toutes les époques.

Il est élu à l’Académie des Sciences en 1881.

A la fin de sa vie, il se consacre à l’étude des fossiles de Patagonie et ouvre la voie à la Paléontologie humaine (parution de ses Contributions à l’histoire des hommes fossiles en 1903) que son successeur Marcellin Boule développera davantage et qui verra son aboutissement dans la création de l’Institut de Paléontologie humaine.