En 1226, l'abbaye est soumise au roi de France Sécularisée en 1538, elle est transformée par le pape Paul III en collégiale En 1562, les protestants font subir d'irrémédiables dommages aux bâtiments claustraux. L'église (réduite de la moitié de sa longueur au XVIIe siècle), présente en façade un riche décor sculpté du XIIe siècle (tympans, piédroits). La crypte (Xe), remaniée aux XIe et XIIe siècles, abrite le sarcophage du fondateur de l'abbaye. Des fouilles archéologiques ont permis de mettre à jour d'intéressants vestiges dans l'ancien chœur de l'abbatiale, au milieu duquel la célèbre Vis de St-Gilles, une tour du XIIe siècle