Les contrats de rivière sont un des outils permettant la mise en œuvre de la politique de l’eau au niveau local. Dans ce cadre, le rôle des administrations de l’État est d’informer, de conseiller et de fournir une expertise technique aux porteurs locaux des projets, qui sont soit des collectivités locales soit des établissements publics de coopération intercommunale (EPCI).

Document contractuel de planification de la gestion du bassin-versant d’un cours d’eau, le contrat de rivière, avant signature du document définitif par les différents partenaires et mise en œuvre des actions prévues, passe par 2 phases préalables sanctionnées chacune par un agrément délivré par l’État : une phase de candidature et une phase d’élaboration du document définitif.

La conception de ces documents s’appuie sur la réalisation d’études techniques et scientifiques globales de chacun des bassins-versants concernés.

L'agrément est délivré, jusqu’en 2004, par un comité national, et depuis 2005, par des comités de bassin. La Franche-Comté relève du comité de bassin Rhône-Méditerranée.