Pour le chercheur qui s'intéresse exclusivement aux questions médicales, les archives hospitalières peuvent paraître décevantes : le dossier médical apparaît rarement avant les années 1960 ; si le diagnostic est souvent inscrit dans les registres matricules des hospitalisés, on n'y trouve que rarement mention des traitements suivis par le malade. Grâce aux dossiers de travaux dans les salles des malades, les dossiers de construction et d'équipement de salles spécifiques (salle d'opération, maternité, salle de désinfection, laboratoire de radiologie&) et grâce à l'inventaire périodique du matériel utilisé, on peut cependant se faire une idée des règles d'hygiène et des moyens mis en œuvre pour progresser dans les soins aux patients. Une autre source très intéressante pour l'histoire de la médecine réside dans les livres de comptes de l'économe, dans lesquels seront consignés, parfois de manière détaillée, les achats de mobiliers, d'instruments de chirurgie et de médicaments. L'hôpital de Pontarlier se distingue par l'abondance de ses archives médicales, qui se limitent cependant aux hospitalisés militaires, et couvrent principalement les périodes des deux dernières guerres.

En dehors de leur intérêt médical certain mais limité, les archives hospitalières ont d'autres trésors à offrir aux chercheurs.

L'assistance aux défavorisés en est un. De nombreux établissements soignent des malades indigents à domicile ou fournissent du pain, de la soupe, des médicaments et des soins gratuits à la journée dans les locaux de l'établissement. Certains avaient gardé aussi au XIXe siècle leur vocation d'accueil des voyageurs et vagabonds indigents. Enfin, ce même siècle vit le développement des orphelinats et des asiles de vieillards.

Cette notion d'assistance est indissociable de l'empreinte religieuse de ces établissements, souvent fondés et dotés par des bienfaiteurs soucieux de sauver des âmes dont la leur, et longtemps gouvernés par des sœurs hospitalières qui, en prenant le voile, affirmaient leur volonté de servir les pauvres. Les archives hospitalières témoignent du parcours de ces femmes souvent dévouées jour et nuit à leur tâche, assurant les fonctions d'infirmières, de pharmaciennes, d'institutrices dans les orphelinats, d'économes, de couturières, de cuisinières et de lingères&

Fondés et entretenus grâce à des dons et des legs, les hôpitaux possèdent des biens : domaines agricoles, vignes, bois, qu'ils vont gérer, louer, vendre, accroître. Ces biens leur sont souvent parvenus accompagnés des archives personnelles des donateurs permettant ainsi de retracer leur histoire et celle de leur famille. Les archives hospitalières constituent donc une source passionnante pour l'histoire sociale et économique.