A 35 ans, Boule, "docteur ès-sciences, au laboratoire de paléontologie du Muséum de Paris", est reçu dans cette société savante belge fondée à Bruxelles en 1887. Le diplôme est signé du président L. Dollo ; il porte la devise "MENTE ET MALLEO" (Par la pensée et par le marteau), qui montre que les sciences que la société se propose d'étudier sont à la fois spéculatives et expérimentales. La société géologique de France porte alors la même devise.

Boule devint membre honoraire de la même société en 1920.