La Fondation santé des étudiants de France a été créée par l'UNEF en 1923 pour faire face au problème aigu de la tuberculose, qui exigeait un traitement de longue durée et rendait la poursuite des études difficile. Reconnue d'utilité publique en 1925, elle a ouvert en 1933 le premier sanatorium des étudiants à Saint-Hilaire du Touvet (Isère), bientôt suivi d'un réseau d'établissements associant tous soins et études et répartis sur le territoire national.

Après la seconde guerre mondiale, le problème de la santé mentale chez les étudiants est apparu comme un souci majeur des autorités universitaires. La Direction de l'enseignement supérieur a alors donné pour mission à la Fondation de créer des établissements pouvant accueillir des étudiants présentant « des troubles mentaux légers ne nuisant pas à la poursuite des études ». Le premier établissement médico-psychologique a été ouvert à Sceaux, dans la Villa Dupré.

Les progrès accomplis dans les années cinquante dans le dépistage et le traitement de la tuberculose ont conduit la Fondation à engager ensuite sa conversion vers la prise en charge d'autres pathologies, faisant ainsi face à l'émergence de nouvelles demandes de soins.