En 1903, Boule a succédé à Albert Gaudry à la chaire de paléontologie du Muséum d'histoire naturelle de Paris. Dès 1905, il entreprend la création d'une publication nouvelle, Les annales de paléontologie, à laquelle Gaudry "envoie ses vœux". Dans l'introduction, il affiche sa préférence pour, d'une part, "les travaux de paléontologie stratigraphique ou de systématique pure, dont le but principal ne sera pas la multiplication des genres et des espèces", puisque "mieux valent des choses sans noms que des noms sans choses" et, d'autre part, pour les "travaux de paléontologie philosophique".

La première année, Boule publie lui-même un article sur "Les grands chats des cavernes", illustré, notamment, par le squelette fossilisé de lion trouvé dans la caverne de L'Herm (Ariège), et offert au Muséum par Edmond de Rothschild.