Il aurait existé à Houdan, dès le XIIIème siècle, une maladrerie hors de la ville, et en ville, un hôtel-Dieu ; leur l'existence est attestée par un acte de donation de 1363.

En 1623 cet hôtel-Dieu consistait en une chapelle, chambres hautes et basses, granges, étable, cour et jardin sur un ½ arpent de terre, et possèdait 7 arpents de terres sur la paroisse. Quant à la maladrerie, elle était en ruine en 1673, et ses biens furent attribués à l'hôtel-Dieu dans le cadre de la réforme hospitalière de la fin du XVIIème siècle : un édit royal du 16 décembre 1695 recréait l'hôpital de Houdan en lui réunissant les biens et revenus des maladreries de Houdan, Oulins, Montchauvet, Epône et Saint-Léger. L'administration en était confiée à un collège de 8 administrateurs, dont le curé et les principaux échevins de Houdan.

Selon A.Lesprillier, administrateur de l'hôpital qui en consulta les archives anciennes pour rédiger en 1904 une notice historique, le premier bâtiment aurait été construit, à l'emplacement actuel, vers 1580. La chapelle fut édifiée entre 1636 et 1640, et un corps de bâtiment lui fut adjoint en 1704, pour constituer un hôpital de 4 lits (salles Saint-Jacques et Saint-Mathieu, logement du personnel).

Deux sœurs de la communauté de Saint-Paul de Chartres y furent affectées en 1709. L'établissement fut inauguré en 1711. En 1743, il y avait 5 lits, 8 en 1772, 10 en 1782.Pour les héberger, des travaux d'agrandissement avaient été réalisés en 1766. La Révolution fut une période difficile pour l'hôpital, qui perdit la plupart de ses ressources.