La maladie était responsable de son accès de désespoir. Atteint probablement de dysenterie, il a été évacué à l'hôpital d'Amiens (Somme, 1er nov.), puis transféré à celui de Lorient (Morbihan), où " depuis quelques jours les nouvelles sont très bonnes, peut-être que cela ne sera plus long à présent " (7 nov.). Il se remet bien et espère aller quelques jours à Fontenay en convalescence. Ayant écrit à son propriétaire, " j'ai envoyé une lettre à notre Maître ", il espère de ses nouvelles (12 nov.). Le médecin vendéen qui le soigne, proche de la famille Robert (famille du curé de Mouchamps), ayant écrit à sa femme pour lui indiquer que son mari souffrait d'embarras gastrique, Eugène rassure celle-ci : " je ne me suis jamais trouvé de cela " (16 nov.). Le médecin semble conciliant et Eugène fait ce qu'il peut pour prolonger son hospitalisation. Ayant déclaré avoir encore de fortes coliques, il doit " ne boire que du bouillon, et du lait et du thé… mais j'ai de bons infirmiers qui m'apportent tout ce que je veux, de la soupe et de bonnes portions de viande en cachette " (22 nov.), " je vais tâcher de me débrouiller le plus possible afin de rester encore quelques jours ici " (25 nov.).