Jean-Pierre Sainton est né à Paris, d’un père guadeloupéen et d’une mère martiniquaise. Ses deux parents se sont rencontrés au cours de leurs études en France. Il a été élevé dans sa prime enfance par ses grands-parents maternels en Martinique, qui lui ont transmis le goût de la connaissance. Il explique l’importance de cette double origine sociale et culturelle dans sa carrière d’historien. Notamment il insiste sur son attachement à la culture guadeloupéenne, de par son père, dirigeant du mouvement indépendantiste et arrêté lors des émeutes de mai 1967 qui l'a plongé dans la vie guadeloupéenne et l'action militante dès son adolescence. Il poursuit ses études secondaires en Guadeloupe, et passé par le lycée Carnot. Il obtient son baccalauréat en 1973 et fait un DEUG d’histoire à l’Université des Antilles, où il est marqué par des enseignants à la pointe de la discipline comme Danielle Bégot pour sa méthodologie historique et Jacques Adélaïde-Merlande, initiateur de l’histoire antillaise. A l’université, il côtoie entre autres Rodolphe Alexandre, qui deviendra président du conseil régional de la Guyane. Après ses deux premières années d’études supérieures, il part à Nanterre pour suivre une licence renforcée, ou licence d’enseignement, puis fait sa maîtrise à Paris VII, où l’histoire du Tiers-Monde est enseignée. En parallèle de ses études, il accorde une grande place au militantisme et est responsable de l’association générale des étudiants guadeloupéens. Il raconte son retour en Guadeloupe, dans les années 1980, où il poursuit ses activités politiques, en signant son premier travail militant : « Mé 67 », mémoire d’un événement. Un moment qu’il considère comme fondateur dans sa vie est sa rencontre avec Rosan Girard, principal fondateur du parti communiste guadeloupéen. En 1986, il observe un “affaissement du militantisme” dont il analyse les causes. A 42 ans, il soutient sa thèse, Les nègres en politique : couleur, identités et stratégies de pouvoir en Guadeloupe au tournant du siècle sous la direction de Jean-Luc Bonniol. Il obtient un poste 2 ans plus tard en 1999. L’habilitation à diriger la recherche se présente à lui comme la suite logique, d’autant plus qu’il s’intéresse à la dimension pédagogique et éducative de l'histoire. Il explique son désir d’enseigner une histoire “profondément humaine”, en prenant le contre-exemple du Code noir. Il travaille également à la mise en place de deux masters : un master sur l’histoire patrimoniale en Martinique en un master de Sciences humaines et sociales en Guadeloupe pour faire “avancer la compréhension de l’histoire”. En fin d'entretien, il interroge le rôle de l'histoire orale dans la mémoire sociale.