Comme le chapitre de Chaudes-Aigues le chapitre de Murat succéda à une congrégation de prêtres qui existait depuis le XIIe siècle sous le vocable de Notre-Dame et célébrait ses offices dans l'église paroissiale Saint-Martin. A sa demande cette communauté fut érigée en chapitre par l'évêque Dieudonné de Canilhac en 1350.

Le chapitre comprit d'abord dix chanoines et dix choriers, puis plus tard quinze chanoines et cinq choriers, et enfin huit chanoines et trois choriers.

Les chanoines construisirent une nouvelle église, la collégiale, vers 1380 sur l'emplacement de l'ancien hôpital. Cette église ayant été incendiée en 1493, sa reconstruction fut immédiatement entreprise. Elle fut consacrée à nouveau en 1494.