Dès les années 1948-1950, il existe à Dijon un service régional du travail et de la main-d'oeuvre dont le ressort interrégional comprend la Franche-Comté.

Il faut attendre l'extrême fin des années 1960, pour que soit créée une direction régionale du travail et de la main-d'oeuvre (DRTMO) propre à la seule Franche-Comté, dont le siège est Besançon. Dans le courant des années 1980, celle-ci prendra le nom de direction régionale du travail et de l'emploi (DRTE).

En 1995, la DRTE fusionnera avec la délégation régionale à la formation professionnelle (DRFP) pour former la direction régionale du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle (DRTEFP) de Franche-Comté.

Dans le cadre de la réforme générale des politiques publiques, la DRTEFP a fusionné au 1er janvier 2010 avec d’autres administrations au sein de la Direction régionale des entreprises, de la concurrence et de la consommation, du travail et de l'emploi (DIRECCTE).