Classement thématique : paysages et monuments, portraits et costumes, fêtes et cérémonies, publicités, reproductions de documents. Puis un classement par ordre alphabétique des communes, à l'intérieur des catégories thématiques qui le nécessitaient. En raison de la difficulté d'identifier l'oeuvre individuelle de chaque photographe, le fonds n'a pas été regroupé par producteur. Il a donc plutôt été envisagé comme un fonds résultant de l'activité photographique de l'atelier Villard et a été ordonné selon un classement thématique. Les plaques photographiques en double et les reproductions de cartes postales imprimées n'ont pas été inventoriées. En revanche, lorsqu'un élément permet de différencier deux vues presque identiques, les deux versions de l'image ont été analysées. Lors de leur entrée aux Archives départementales, les photographies du fonds Villard étaient conservées dans des boîtes de plaques ou de films photographiques, annotées (nom de commune, sujet des vues ou date) mais agencées sans classement. En outre, l'absence d'inventaire explique les approximations quant au nombre total de vues photographiques que comprend le fonds et a imposé un remaniement complet de l'ensemble, avec l'établissement d'un plan de classement.
Les indications manuscrites ont quand même permis de distinguer plusieurs grands thèmes. Les vues de paysages, de monuments et de bâtiments ont été classées par commune. Un classement par lieu géographique a également été adopté pour les photographies prises lors de fêtes ou de cérémonies. Pour les scènes de genre, les portraits et les costumes, l'ordre suivi établit une distinction entre les portraits individuels et les portraits de groupe, ainsi qu'entre les vues posées en atelier et celles prises en extérieur. Malgré les annotations sur les boîtes, certaines vues de paysages et de bâtiments n'ont pu être identifiées et ont été regroupées selon un classement thématique. Les publicités et les reproductions de documents et d'oeuvres d'art, peu nombreuses, forment la dernière partie.