Après son incendie au XVIIIe siècle, le palais du duc Jean, dont il ne reste quasiment rien, est occupé par la prison. La prison départementale de Bourges demeure dans les salles et les caves du palais jusqu'à son transfert au Bordiot en 1886. Le bâtiment, dans un état déplorable, est classé monument historique en 1895 et une campagne de restauration dirigée par Paul Boeswillwald a lieu de 1895 à 1911. Celle-ci est suffisamment avancée en 1906 pour que le Conseil général puisse s'installer dans l'une des deux anciennes salles à parer du palais. La seconde est occupée par le conseil de préfecture.