Le cartulaire de l'abbaye Saint-Jean d'Orbestier a été constitué en 1454 à la demande de l'abbé, Louis de Machecoul, et des religieux qui ont sollicité, pour ce faire, le sénéchal de Talmont, Jehan Macayre, aidé du scribe et greffier de la sénéchaussée, Maturin Raiffe.

Le cartulaire est un volume de 324 feuillets de papier et de parchemin. Il rassemble la copie de 395 pièces, en français et en latin, sans aucun ordre chronologique, telles qu'on devait les présenter au regard du copiste, à moins qu'elles ne lui aient été dictées. Les pièces portent un numéro d'ordre et la copie de chacune d'elle est authentifiée par les signatures du sénéchal et du greffier de Talmont. Douze sachets en toile de lin sont toujours suspendus au cartulaire et contenaient à l'origine les sceaux apposés par le sénéchal de Talmont à la fin de chaque cahier. Le cartulaire est structuré de la manière suivante :
- Deux tables dont la première est très fragmentaire (feuillets non foliotés)
- Origine et description du cartulaire par Jehan Macayre, sénéchal de Talmont (10 nov. 1454) : acte n°1, f° 1-2
- Transcription des actes numérotés 2 à 394 : f° 3-322
- Origine et description du cartulaire par Jehan Macayre, sénéchal de Talmont (10 nov. 1454), répétition de l'acte n°1 : acte n°395, f° 323-324

Le cartulaire a fait l'objet d'une publication imprimée en 1877 par Louis de La Boutetière, dans une édition de la Société des Archives historiques du Poitou. L'ouvrage coté BIB 838 aux Archives de la Vendée est consultable en salle de lecture, il bénéficie également d'une version numérique plus largement accessible sur Gallica, la bibliothèque numérique de la Bnf (voir le lien ci-dessous). Sur les 395 actes, 344 sont publiés, non dans l'ordre initial du cartulaire, mais dans un ordre chronologique. Ils se répartissent en 10 pièces du XIIe siècle, 87 du XIIIe s., 174 du XIVe s. et 73 du XVe s. Les pièces non publiées sont soit manquantes (n°101 : la numérotation d'origine passe de 100 à 102 ; n°254 : le feuillet 196 où se trouvait la pièce 254 a été déchiré), soit considérée comme fausse (n°265), soit des doubles indiqués comme tels avec un numéro de renvoi, soit des pièces analysées sommairement en notes. Quelques pièces ne sont également ni publiées, ni analysées. L'acte du 10 novembre 1454 est publié intégralement à part dans l'avant-propos. En fin de volume, on trouvera aussi une table des noms de personnes et de lieux.

En 1877, Louis de La Boutetière observe l'état très altéré du cartulaire qu'il décrit de la sorte : " taché, déchiré, aux trois quarts effacé en maints endroits, ce manuscrit est dans le plus triste état de conservation qui se puisse imaginer, état que les vicissitudes subies par le dépôt dont il fait partie expliquent assez ". Transporté en 1791 à Fontenay-le-Comte au moment de la saisie des papiers de l'abbaye, le cartulaire a très vraisemblablement été endommagé pendant la période révolutionnaire, avant d'être transféré en 1806 à La Roche-sur-Yon, nouveau chef-lieu du département. Aujourd'hui, le constat est le suivant : de la couvrure en parchemin ne subsiste que le plat inférieur ; de ce fait, les cinq doubles nerfs en peau de la couture sont bien visibles sur le dos du volume ; les premiers feuillets contenant une table sont très fragmentaires ; la plupart des feuillets portent, plus ou moins visiblement et largement, des traces d'altération dues à l'eau - Louis de La Boutetière mentionne un incendie en avril 1795 suivi d'une aspersion intense et prolongée -, et des zones du texte semblent avoir été délibérément occultées, mais sans réelle cohérence, notamment avec une encre bleue. Malgré cet état, le cartulaire de Saint-Jean d'Orbestier est un objet exceptionnel conservé dans sa quasi-intégralité.

Sa restauration confiée en 2015 à l'atelier Claude Benoist de Ménigoute a consisté à nettoyer, par brossage et gommage, l'ensemble des feuillets, puis à combler ceux qui étaient lacunaires, soit plus de 70. Du parchemin de chevrette a été utilisé pour combler les lacunes des parchemins et du papier japonais pour les autres. La couture du volume et les sachets en toile qui protégeaient auparavant les sceaux ont été réparés au fil de lin et une boîte de conservation a été réalisée sur mesure pour assurer un conditionnement optimum. Il n'y a pas eu d'intervention sur les zones délibérément masquées, ni sur les traces anciennes de dégradation provoquées par l'eau, les risques d'aggravation des détériorations étant supérieurs à d'hypothétiques améliorations de la lisibilité du texte.

La numérisation et la publication en ligne du cartulaire s'accompagnent d'une double table de concordance pour en faciliter l'exploitation. D'une part, on trouvera une liste numérique des actes - concordance entre l'original du cartulaire et l'édition imprimée de 1877 - et, d'autre part, une liste chronologique des actes - concordance entre l'édition imprimée de 1877 et l'original du cartulaire. Dans les deux tables, les numéros de vues de la version numérique sont indiqués.