L'hôpital de La Roche-sur-Yon est créé par le décret impérial du 5 prairial an XII qui fait de la ville la préfecture du département. Ce nouvel hôpital est dans un premier temps exclusivement destiné aux militaires. Il est entièrement à la charge de l'Etat. En 1819, l'établissement est cédé au département par le ministère de la Guerre. L'hôpital départemental est affecté aux malades militaires et civils et au service des enfants assistés. Il reçoit aussi les vieillards incurables.

Les archives reflètent cette évolution tant du point de vue du personnel, de la gestion de l'établissement que de la population de malades.