Le mouvement issu du concile de Trente a produit de nombreux établissements. Dès 1581, les Jésuites créaient un collège à Dijon (v. ci-dessus, série D). Ils furent suivis des Capucins, qui, de 1598 à 1656, s'installaient à Châtillon-sur-Seine, Dijon, Beaune, Auxonne, Saulieu, Semur, Is-sur-Tille et Seurre (à Nuits, leur couvent se confondait avec l'hôpital). Les Minimes à Dijon, en 1599, prenaient l'ancien collège des Martins, et en 1604 recevaient à Semur le vieil hôpital Saint-Jacques, puis ouvraient des couvents à Beaune (1624), à Notre-Dame d'Etang près de Dijon (1633) et à Vitteaux (1651). Le couvent de Dijon était le siège de leur " province de Bourgogne " détachée de celle de Lyon en 1623. Les Feuillants, s'installaient aux berceaux de Saint-Bernard à Fontaine-lès-Dijon (1614) et à Châtillon-sur-Seine (1621). Les Oratoriens prenaient à Dijon possession de l'ancien prieuré du Petit-Val-des-Choux (v. ci-dessus, ordres monastiques divers) en 1621 et ouvraient en 1624 le collège de Beaune. Enfin, les Prêtres de la Mission ou Lazaristes avaient une maison à Dijon en 1682.