Les lois du 15 frimaire an VI (5 décembre 1797) et du 11 frimaire an VII (1er décembre 1798) ont divisé les dépenses de la République en quatre catégories : dépenses générales, dépenses départementales, dépenses des administrations municipales de canton et dépenses communales. Les dépenses départementales concernent les tribunaux, les administrations centrales, les écoles centrales, les bibliothèques et les musées, l'entretien et la réparation des bâtiments servant à ces établissements, l'entretien et la réparation des prisons, les taxations et les remises du receveur du département et de ses préposés, les autres dépenses nécessaires à l'administration du département et autorisées par les lois.

L'arrêté consulaire du 25 vendémiaire an X (17 octobre1801) divise les dépenses en deux classes : les dépenses fixes (traitements des préfets, secrétaires généraux, conseillers de préfecture et sous-préfets, professeurs des écoles du département juges et greffiers des tribunaux) ordonnancées directement par les ministères concernés, et pour lesquelles les conseillers généraux ne sont plus qu'appelés à donner leur avis, et les dépenses variables laissées à leur contrôle et ordonnancées par les préfets. À partir de la loi de finances du 2 ventôse an XIII (21 févirer 1805), les conseillers ont la possibilité de voter des "dépenses facultatives", non comprises dans les dépenses variables. De nouvelles catégories de dépenses font leur apparition dans le budget départemental : les dépenses facultatives d'utilité départementale (loi du 28 avril 1816) qui comprend les emprunts ou impositions extraordinaires décidés par le conseil général et autorisés par une loi spéciale et concernant les travaux importants (construction de bâtiments départementaux ou de routes départementales), les dépenses du cadastre (loi du 31 juillet 1821), les dépenses de l'instruction primaire (loi du 28 juin 1833), les dépenses de construction et d'entretien des chemins vicinaux (loi du 21 mai 1836).

La loi du 10 mai 1838, conférant au département une certaine autonomie, est la créatrice d'un véritable budget départemental. Elle organise un budget unique (ce qui n'était pas le cas, chaque type de dépenses faisait l'objet de budgets distincts) divisé en 6 sections bien distinctes : 1ère section, dépenses ordinaires (correspondant aux anciennes dépenses variables) ; 2 e section, dépenses facultatives d'utilité départementale; 3 e section, dépenses extraordinaires (lorsque les ressources de la 2ème section sont insuffisantes); 4 e section, dépenses des chemins vicinaux ; 5 e section, dépenses de l'instruction primaire ; 6e section, dépenses du cadastre. Chaque section est divisée en sous-chapitres et articles.

Ces dispositions sont restées en vigueur jusqu'à la loi du 18 juillet 1866, qui a donné au budget départemental une physionomie nouvelle en substituant aux six sections deux grandes divisions, appelées budget ordinaire et budget extraordinaire (formé de la section correspondant aux dépenses extraordinaires).

La loi du 10 août 1871 rattache le budget départemental au budget de l'État et figure à la fin de la première section du ministère de l'Intérieur sous le nom de "budget sur ressources spéciales". Préparé et présenté par le préfet, le projet de budget devait être communiqué avec pièces à l'appui à la commission départementale, avant l'ouverture de la session d'août ; à l'ouverture de cette session, après que la commission départementale eut présenté au conseil général un rapport sommaire sur le budget, celui-ci était délibéré par l'assemblée départementale, puis définitivement réglé par décret et rendu public par voie d'impression. Divisé en budget ordinaire et budget extraordinaire avec recettes et dépenses, le budget départemental comprend trois documents : le budget primitif, le budget de report et le budget rectificatif ou supplémentaire. Le budget de report, dans lequel les fonds restés inemployés au cours de l'exercice étaient reportés sur l'exercice suivant, est supprimé par la loi du 29 juin 1899 et le décret du 20 janvier 1900.

C'est la loi du 18 juillet 1892 et le décret du 12 juillet 1893 qui donnent au budget départemental les caractères qu'il conserve jusqu'en 1940. Le budget sur ressources spéciales est supprimé et les subdivisions du budget départemental forment dès lors des chapitres indépendants et non plus de simples sous-chapitres du budget de l'État. L'exercice du budget est fixé du 1er janvier au 31 décembre. Le préfet devient l'ordonnateur primaire des dépenses départementales (alors qu'il n'était jusque là qu'ordonnateur secondaire pour le comptes des ministres de l'Intérieur, des Finances et de l'Instruction publique) et le trésorier-payeur général devient le comptable du département chargé du règlement des dépenses et du recouvrement des recettes. On trouve dans le décret du 12 juillet 1893, la nomenclature et la description des différents documents comptables utilisés par le préfet et par le trésorier-payeur général.