Grâce au traité Makoko rapporté par Brazza lors de sa deuxième mission et ratifié par le gouvernement le 22 novembre 1882, la France prend possession de la rive droite du Congo. Le 11 janvier 1883, la loi votant un crédit pour la mission de l'Ouest africain est publiée au Journal Officiel. Brazza est nommé lieutenant de vaisseau et reçoit le titre de commissaire général de la République dans l'Ouest africain. La mission de l'Ouest Africain (MOA) est le prolongement naturel de la seconde mission de Brazza : il s'agit d'une mission pacifique, commerciale, scientifique et humanitaire mais aussi politique. Brazza doit « jeter les bases de l'établissement de la France ». Il recrute son personnel par petites annonces dans le Journal officiel (entre 400 et 500 hommes). La première année est consacrée à la fondation des postes. Pendant deux ans, c'est une véritable course entre les Français et les Belges pour l'occupation du territoire. Le 9 avril 1884, Brazza est chez le Makoko et lui remet le traité ratifié par le gouvernement français. Brazza choisit aussi de façon définitive l'emplacement de la future station de Brazzaville, sur un plateau à une trentaine de mètres au dessus du Congo. Les premières constructions se font entre 1884 et 1887. De son côté, Stanley s'installe dans le village de Kinshasa qui deviendra Léopoldville situé en face de Brazzaville. La situation internationale évolue et Bismarck propose de réunir à Berlin une conférence pour régler le problème du Congo. Le 5 février 1885, le gouvernement de la République française et l'AIC (Association internationale du Congo) signent une convention délimitant leurs possessions respectives. L'acte général de Berlin du 26 février 1885 assure la liberté de navigation sur le Niger et le Congo ainsi que la liberté du commerce dans le bassin du Congo. La MOA n'a alors plus de raison d'être et Brazza, rappelé par le gouvernement français, rentre à Paris le 19 novembre 1885.