Les documents rassemblés dans cette section concernent pour beaucoup l'histoire religieuse, mais aussi militaire de l'ensemble de la Franche-Comté. Un certain nombre de documents ne concernent toutefois en rien la région. Comme tous les manuscrits de bibliothèque, ils sont très hétérogènes : mémoires, notices historiques, relations, notes diverses, copies d'actes, mélanges, recettes, monographies locales, chroniques, traités, etc. À noter quelques mélanges littéraires (ex : Ms 148, Ms 150), quelques cartes et plans dont la fameuse vue cavalière de la frontière entre le comté de Bourgogne et le pays de Vaud et Berne datant du XVIe siècle (Ms 245).